京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
緒方研究室(化学生命科学研究領域)

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研究内容

大規模生命データを通して、分子から地球環境までの視点で、生命の多様性・生物機能の発現と進化を解明するための理論的・計算機科学的研究を行っています。具体的には、1) 巨大ウイルスのゲノム機能・進化、2) 海洋微生物生態系の多様性と機能・生態系と環境変動との関係の解明、3) ゲノム資源の創薬や医療への応用を目指した情報技術開発、を中心に研究を進めています。特に、生物間相互作用がいかに生物群の機能として発現し、環境と相互作用するのかを理解したいというのが私たちの立場です。また、環境から得られた生物学的データを医学・農学・産業に役立てる必要があります。医薬品を含む低分子化合物のデータベースを開発し、創薬や医療への応用を目指した情報技術開発の基礎研究を進めています。

長年取り組んでいる海洋プランクトンに関する研究の結果がニュース・新聞で報道されました( 京大プレスリリース、 NHK、 京都新聞日経新聞朝日新聞産経新聞、 AFP=時事、中日新聞)。

平成28年度から「ネオウイルス学」プロジェクトを開始しました。

新着情報

2016.11.17
バイオインフォマティクスセンター合同ピクニック&BBQ大会。お絵描き伝言ゲームなどをしたりして、みんな楽しい時間を過ごしました。
2016.10.26
清水祐吾君が筆頭著者の論文"Type III Polyketide Synthases: Functional Classification and Phylogenomics / Shimizu Y., Ogata H., Goto S."がChemBioChemにアクセプトされました。おめでとうございます!
2016.10.17
緒方先生がフィリピンで開催されたBiodiversity & Chemical Biology of Marine and Terrestrial Life in the Philippine Regionで"Tara Oceans Expedition and Giant Viruses in Marine Ecosystems"と題して基調招待講演を行いました。
2016.9.30
吉沢さんが第五回生命医薬情報学連合大会 (東京、日本)の二日目で"実はタンパク質は測定していない ~ プロテオミクスと質量分析法 ~"と題して招待講演を行いました。
2016.9.29
西山君と吉川君が第5回生命医薬情報学連合大会 (東京、日本)の一日目でそれぞれ"Investigation of Mouse Gut Microbiota Affected by Elental and Lipacreon"と"A preliminary characterization of the genome of XacN1, a giant phage infecting the citrus canker agent Xanthomonas citri"と題してポスター発表を行いました。
2016.9.27
五斗先生が第3回オープンサイエンスデータ推進ワークショップ (京都、日本)で"KEGG データベースの現状"と題して招待講演を行いました。
2016.9.23
吉沢さんがAOHUPO (Asia Oceania HUPO) Annual Congress (Sun Moon Lanke, Taiwan(ROC))で"jPOST for Asia and Oceania: Re-analysis Protocol"と題してポスター発表を行いました。
2016.9.19
吉沢さんがHUPO (Human Proteome Organization) Annual World Congress (Taipei, Taiwan(ROC))で"jPOST: Re-analysis Protocol"と題してポスター発表を行いました。
2016.9.5
マレーシア工科大学の2名の4年生 (Tuan Watieさん, Nurshahiraさん) がインターンとして研究室に加わりました。2016年1月20日まで滞在し、共同研究します。
2016.7.29
三原さんが筆頭著者で、山田隆先生(広島大学)との共同研究、青枯病病原菌に感染するファージに関するの下記論文が Virology Reportに掲載されました。新規ファージRP15はtRNA遺伝子を17個コードしており、詳細な系統解析からT4関連ファージに属する新しいグループのファージであることが明らかになりました。
Mihara et al., Virology Rep., 6: 61-73 (2016)
2016.7.13
農学研究科の吉田先生、西村陽介氏、緒方先生が第8回 Aquatic Virus Workshop(英国、プリマス)で講演しました。世界の一流の研究者達に囲まれ、京大における最新のウイルス研究を提示してきました。とはいっても、英国ならではのエールは飲みすぎたようで少し疲れ気味で帰国されました。
2016.7.3
高見英人博士(JAMSTEC)らとの共同研究、メタゲノム・ゲノムの機能解析システム MAPLE の論文が DNA Res. (IF=5.267) に掲載されました。
2016.6.23
研究室で鉄板焼きパーティをしました。皆さん楽しんだようで、翌日の研究室は空っぽでした。写真は研究室伝統の広島風お好み焼き。今年は広島出身の4回生がいるのでより一層おいしくできました。
2016.4.4
ブラン=マチュー先生らの論文"DNA repair genes in the Megavirales pangenome"が掲載されました。]
2016.4.1
山田隆先生(広島大学)との共同研究、青枯病病原菌に感染するジャンボファージに関するの下記論文が Virology (IF=3.321) に受理されました。当該ファージががphiKZ関連ファージに分類されることを明らかにし、同時に、これまでに多数確認されているジャンボファージが多系統からなることを証明しました。
Bhunchotha, Blanc-Mathieu, Mihara, Nishimura, Askora, Phironrit, Leksomboon, Chatchawankanphanich, Kawasaki, Nakano, Fujie, Ogata, Yamada. "Two Asian jumbo phages, phiRSL2 and phiRSF1, infect Ralstonia solanacearum and show common features of phiKZ-related phages."
2016.3.29
隈部君、三原さん、西村君、湯川さんの送別会がイタリア料理クアトロアミーチで行われました。研究室を旅立つ4人の皆様、これまで大変お世話になりました。今後のご健康、ご発展、ご活躍をお祈り申し上げます。
2016.3.25
当研究室(化学生命科学研究領域)がAAAS発行の「サイエンス誌に載った日本人研究者(2016年号、36ページ)」の中で紹介されました。
2016.3.23
李岩沢さんが中国から来日しました。李さんは研究生として研究室に配属されます!
2016.3.22
ブラン=マチュー先生と緒方先生の"DNA repair genes in the Megavirales pangenome"と題する論文が Current Opinion in Microbiology (IF=5.900) に受理されました。おめでとうございます!
2016.3.17
緒方先生が日本海洋学会春季大会で「海洋ウイルス環境ゲノムから見る多様性・相互作用・分布」と題して招待講演を行いました。
2016.3.1
下記の論文が掲載されました[Open Access]。
2016.2.25
三原知子さん(博士課程)らのVirus-Host DBに関する論文が Viruses (IF=3.353) に受理されました。おめでとうございます!
Mihara T., Nishimura Y., Shimizu Y., Nishiyama H., Yoshikawa G., Uehara H., Hingamp P., Goto S, Ogata H. "Linking virus genomes with host taxonomy."
2016.2.10
タラ海洋探査コンソーシアムからの研究成果が Nature (2月10日号)に掲載されました。海洋表層から深層への炭素輸送(バイオロジカル・カーボン・ポンプ)に放散虫のコロダリアや藍藻に感染するウイルスなど、これまで着目されていなかった生物種が関与していることが判明しました。[PubMed]
2016.1.21
恒例のBICセミナーがありました。当研究室からは、ファーミ君、隈部君、西山君、吉川君、西村君、清水君、吉沢さんが研究発表を行いました。
2015.11.18
センターのメンバーでみどり農園にてBBQをしました。シイタケ狩りも楽しかったです。
2015.11.17
順天堂大学の茂櫛薫先生にRの講習をしていただきました。
2015.10.31
博士課程の三原知子さん、西村陽介さん、研究員の清水祐吾さんが生命医薬情報連合大会2015(宇治)で口頭発表・ポスター発表を行いました。西村さんと清水さんの口頭発表が研究奨励賞を受賞しました。おめでとうございます!
2015.10.21
三原知子さん、西村陽介さんが微生物生態学会年会(土浦)でウイルス—宿主のデータベースと、ウイルスゲノム解析ツールに関するポスター発表を行いました。同時に、共同研究者の綿井さん(農学研究科)のポスター発表がポスター賞を受賞しました。乾杯!
2015.9.1
マレーシア工科大学の4名の4年生 (Nadzirahさん, Rafidahさん, Fahmi君, Arhaime君) がインターンとして研究室に加わりました。2016年1月末まで滞在し、共同研究します。
2015.8.22
武村政春先生、横堀伸一先生、緒方博之先生の共著論文 Evolution of eukaryotic DNA polymerases via interaction between cells and large DNA viruses の図が掲載誌 Journal of Molecular Evolution の表紙を飾りました。(Cover)。
2015.8.21
緒方博之先生、武村政春先生共著の巨大ウイルスに関する総説 "A decade of giant virus genomics: surprising discoveries opening new questions" を掲載する書籍が出版されました。(Springer)。
2015.8.3
ロマン・ブラン=マチュー先生が8月1日より化学生命科学研究領域の助教に着任しました。
2015.7.31
パスカルさんの最終日です。パスカルさんが用意した南仏スタイルのアペリティフで楽しい一時を過ごさせていただきました。
2015.7.28
農学部の吉田先生、綿井君、大前君らのグループと、任期終了まじかのパスカルさんと、たこ焼きパーティーをしました。
2015.7.21
ボストン開催のIBSBに、五斗先生と三原知子さんが参加し、三原さんがDiversity of marine giant DNA virusesと題して口頭発表をしました。
2015.6.19
三原知子さん(大学院生)、五斗進先生、緒方博之先生の和文総説『海洋巨大ウイルス—ゲノムから見えたきた多様性と生態』が生物の科学 遺伝7月号に掲載されました。(PDF)。
2015.6.11
緒方先生、五斗先生、アンガン先生が東北区水産研究所を訪問。桑田晃先生、中村洋路先生とパルマ藻のゲノム研究に関する意見交換を行いました。今後の研究の発展が楽しみです。
2015.5.22
当研究室が参加するタラ海洋探査国際・学際コンソーシアムによる研究結果が、米国科学誌Scienceに5報の論文として掲載されました。5月22日(金)の朝日新聞、産経新聞、NHKニュース等で報道されました
2015.5.7
キュリー研究所からDr. Inna KupersteinさんとDr. Emmanuel Barillotsさん研究室を訪問しました。
2015.5.1
パスカル・アンガン先生が客員准教授として着任しました。3か月の研究室滞在です。
2015.4.2
今日はとても良い天気でしたので、満開の桜の下で昼食をとりました。
2015.3.23
水谷紗弥佳さんが学位論文「医薬品ー標的タンパク質ー副作用の関連解析による副作用の発現機序推定」により京都大学博士(理学)の学位を授与されました。おめでとうございます。今後のご発展を研究室一同お祈りします。
2015.3.18
緒方先生が、生命誌研究館で「海洋巨大ウイルスの多様性と進化」と題して講演をしました。
2015.3.17
緒方先生のインタビューが東工大情報生命博士教育院のページに掲載されました。
2015.3.16
緒方先生の記事「巨大ウイルスから見える新たな生物界の姿」が生命誌ジャーナルに掲載されました。
2015.2.27
水谷さんが化学研究所大学院生研究発表会でオーラル発表第2位を受賞しました。おめでとうございます!
2015.2.20
緒方先生が、生態研で「海洋巨大ウイルスの進化と生態」と題して講演をしました。
2015.1.14
水谷紗弥佳さん(理学研究科博士課程)の学位論文「医薬品ー標的タンパク質ー副作用の関連解析による副作用の発現機序推定」の公聴会が行われました。
2014.12.18
五斗先生は主査として、バイオ情報学研究会の発展のために長年ご尽力されてきました。この度、そのご功績を称えて「バイオ情報学研究会 功労賞」を同研究会より授与されました。五斗先生、研究室一同、心よりお慶び申し上げます。
2014.10.29-30
西村さんが生命情報科学若手の会 第6会研究会に参加して、「次世代配列解析による海洋ウイルスと宿主の相互作用の解析」と題してポスター発表を行いました。
2014.10.23
五斗先生が、ヤクルト中央研究所で「KEGGデータベースとヒト健康情報」と題して講演をしました。
2014.10.02-04
水谷さん、西村さん、三原さん(院生)が JSBi 年会でポスター発表を行いました。三原さんのポスターがデザイン賞を受賞しました!
2014.09.24
仏 Institut Sophia Agrobiotech の Romain Blanc-Mathieu 博士が訪問され、Population Genomics of Ostreococcus tauri: Diversity and Evolution of the Smallest Photosynthetic Eukaryote と題してセミナーをして下さいました。博士は 26 日まで滞在され、研究室のメンバーと活発な議論ができました。
2014.09.18
守屋さんと時松さんの送別会が金久先生・KEGGグループとの合同で行われました。長い間、研究室とGenomeNet開発で活躍して下さりありがとうございました。
2014.09.12
緒方先生がストックホルムで開催されたスウェーデン−京都シンポジウム(Sept 11-12)に参加し、“Marine viral genomics: from genetic diversity to ecological implications”と題して講演しました。
2014.09.9
バイオインフォマティクスセンターの秋の遠足&バーベキューが城陽市総合運動公園で開催されました。流しそうめんも企画され、参加者(27名)が楽しい一日を過ごしました。当研究室の西村さん(院生)が企画実行委員長を務めました。
2014.08.22
桑田晃先生(独立行政法人 水産総合研究センター 東北区水産研究所 資源海洋部 生態系動態グループ)が研究室を訪問して下さり、演題「珪藻とパルマ藻の進化・生態・生活史」にてセミナーをしていただきました。
2014.07.28
五斗先生、清水祐吾さん(研究員)がベルリンで開催された International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB, July 20-25) に参加しました。清水さんは“Exploring Polyketide Synthases from Huge Metagenomic Samples”と題して口頭での研究発表を行いました。
2014.07.26
化学研究所主催「第17回高校生のための化学〜先端高度研究の一端を学ぶ〜」が開催されました。84名の化学(科学)好きの高校生参加者が集まり、スパコン等最先端機器を見学しました。緒方先生も企画委員として活躍されました。
2014.06.27
キャノン財団理想の追求「ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か?」のキックオフミーティングがバイオインフォマティクスセンターで行われました。農学研究科 海洋分子微生物学研究室のスタッフ(左子芳彦教授、吉田天士准教授)と大学院生、当研究室のスタッフ・大学院生が多数参加しました。自己紹介、プロジェクトの説明、4月の予備調査のサンプルから得られたヴィローム(ウイルスメタゲノム配列)データの検討などが行われました。
2014.06.24
武村政春先生(東京理科大学)が研究室を訪問して、「巨大ウイルスと真核生物の起源」に関してセミナーをしていただきました。
2014.06.21
夏至の日、国際的なサンプリングイヴェントであるオーシャン・サンプリング・デイ(http://www.microb3.eu/osd)に、農学研究科吉田先生のグループ、大阪府立環境農林水産総合研究所水産技術センターの山本圭吾先生との共同で参加しました。当研究室からは、緒方先生、五斗先生、西村さん(博士課程)が参加しました。

2014.06.06
緒方先生が京都教育文化センターで開催された International Seminar on Biodiversity and Evolution にて Recent bioinformatics development in quantitative metagenomics と題して講演を行いました。
2014.05.01
緒方博之、武村政春らの「巨大ウイルスがもたらしたパンドラの箱−ウイルス研究はパラダイムシフトを引き起こすか?」が「生物と科学 遺伝 5月号」に掲載されました。
2014.04.16
緒方先生、水谷さん(博士課程)、清水さん(研究員)が「ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か?(キヤノン財団)」プロジェクトの予備調査に参加しました。
2014.04.01
緒方博之先生が化学生命科学領域の教授に着任しました。

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2016年11月
 京都大学   化学研究所  バイオインフォマティクスセンター