学位論文・卒業論文

博士論文

  • 伴広輝「オミクスデータに基づくパルマ藻の進化・生態の解明」（理・2024）
  • Lingjie Meng, Unveiling the global diversity and evolution of giant Viruses through ocean metagenomics.（理・2024）
  • 金子博人「地球規模の海洋微⽣物⽣態学への統計的学習の応⽤」（理・2024）
  • Florian Prodinger, Novel metabarcoding method reveals pronounced seasonality and high turnover rate of Imitervirales in coastal communities.（理・2022）
  • 西山拓輝「腸内環境の恒常性維持および疾患の進行 に寄与する腸内微生物群集の特徴抽出」（薬・2020）
  • 吉川元貴「巨大ウイルスの比較進化ゲノム解析」（理・2020）
  • 三原知子「ウイルス―宿主データベースの開発とウイルスゲノムの多様性・系統解析」（薬・2018）
  • 小貫律子「ゲノムワイド な古いハプロタイブックによる疾患関連形質の多様性解析」（理・2018）
  • 西村陽介「メタゲノム由来完全長ゲノムに基づく海洋ウイルスの分類と遺伝子機能から推定される感染戦略」（理・2017）
  • 清水祐吾「Ⅲ型ポリケチド合成酵素の機能分類法の開発と予測へ応用」（理・2017）
  • 守屋勇樹「ゲノムからのパスウェイ推定の為のバイオインフォマティクス研究」（理・2017）
  • 水谷紗弥佳「医薬品―標的タンパク質―副作用の関連解析による副作用の発現機序推定」（理・2015）

修士論文

  • Liwen Zhang, Spatio-temporal community genome dynamics of giant viruses in a deep lake uncovered by long-read（理・2024）
  • Jingjie Chen, Transcriptome analysis of virophages（理・2024）
  • Junyi Wu, The efficient co-evolution mainly driven by virus-tovirus horizontal gene transfer in the phylum Nucleocytoviricota（理・2023）
  • Yue Fang, Genome-resolved seasonal dynamics of giant virus populations in a coastal environment（理・2023)
  • 橋本謙太郎「腸内プロファージが腸内環境の恒常性に寄与する可能性の検討」（薬・2022）
  • Kimberly G. Garcia, Study of genome recombination within the giant virus family Marseilleviridae（理・2022）
  • 木島壮一朗「核細胞質性大型DNA ウイルスが保持するミオシン及びアミノアシル tRNA 合成酵素の進化及び機能に関する解析」（理・2022）
  • Ruixuan Zhang, Transcriptomic analysis of an amoeba-infecting giant virus, medusavirus（理・2022）
  • 伴　広輝「シリカ被殻を持つ真核藻類:パルマ藻・珪藻の比較ゲノム解析」（理・2021）
  • 吉田亘騎「新規巨大ウイルスの分離と比較ゲノム解析によるゲノム組み換えの検出」（理・2020）
  • 黒西　愛「k-mer頻度と適応的閾値を採用した高速ウイルスゲノム分類法の開発」（薬・2019）
  • 荒巻拓哉「隠れマルコフモデルと適応的閾値を用いたKEGGオーソログ予測法の開発とウェブツールの構築」（薬・2019）
  • 加藤恭崇「疾患と腸内細菌共起ネットワークの関係解析」（薬・2019）
  • 李　岩沢「メガウイルス科アンプリコンデータ処理のためのバイオインフォマティクス手法の開発と水圏におけるメガウイルス科多様性の評価」（理・2019）
  • 金子博人「生物炭素ポンプを駆動する核細胞質性大型DNAウイルスの探索」（理・2019）
  • 西山拓輝「リパクレオン投与による腸内フローラ変動関す大規模配列解析」（薬・2017）
  • 吉川元貴「カンキツかいよう病菌に感染する大型ファージXacN1のゲノム解析」（理・2017）

卒業論文

  • 佐々木裕人「メタトランスクリプトームを用いた異なるパルマ藻形態の全球海洋分布の推定」（薬・2024）
  • 長坂孔明「巨大ウイルスが保持する深海適応遺伝子の探索」（薬・2023）
  • 本田直輝「KEGGオーソログに基づく機能予測システムの改善に向けた、低F値を有するKOfamの特徴解析」（薬・2023）
  • 山田航平「VipTreeの修復及び新機能追加による利便性の向上」（薬・2022）
  • 井出詩菜「ロングリードメタゲノムで得られた琵琶湖由来NCLDVコンティグの系統解析」（薬・2022）
  • 宮崎うらら「メタゲノム再構築ゲノムを利用した核細胞質性大型DNAウイルス新規補助代謝遺伝子の探索」（理・2020）
  • 橋本謙太郎「便移植療法を受けた潰瘍性大腸炎患者における腸内細菌叢動態の解析」（薬・2020）
  • Rodrigo Hernández Velázquez, Prediciendo los huéspedes de los virus marinos bicatenarios largos de DNA y virus de RNA del plancton eucarionte empleando patrones de coocurrencia de genes marcadores obtenidos de los datos de Tara Oceans.（2019）
  • 黒西　愛「配列類似性に基づくウイルスゲノム分類法開発のための予備的研究」（薬・2017）
  • 荒巻拓哉「群集組成および遺伝子機能組成に基づく類似メタゲノムの検索法の開発」（薬・2017）
  • 隈部彰彦「ウイルスと原核生物の遺伝子多様性比較」（理・2016）

その他

  • Giulio Benedetti, Exploration of prokaryotic diversity at Uranouchi Inlet by metagenomic analysis. (Internship report, 2022)
  • 平井　颯「淡水湖に生息するCPR細菌の代謝機能及びゲノム比較」（理・2021・インターンシップレポート）