研究

主な研究内容

巨大ウイルスの謎

  • ウイルスには細胞性生物に匹敵するほどの粒子経やゲノム長を誇る巨大ウイルスがいます。なぜ単純なはずのウイルスが、それほどまでに巨大なのか?1000個以上の遺伝子がなぜウイルス複製に必要なのか?巨大化の進化過程はどんな道のりだったのか?巨大ウイルスの生態系での役割はあるのか?こうした素朴な疑問をひも解くことで、ネオウイルス学、そしてネオ生物学を切り開きたいと考えています。
  • 現在は、温泉から分離されたメドゥーサウイルスの研究(東京理科大・武村政春教授との共同研究)、1Mbを超える巨大ゲノムを保持するハプト藻(プリムネシアレス藻)ウイルスの研究(ノルウェー/ベルゲン大学・Ruth-Anne Sandaa教授との共同研究)を進めています。ウイルスがDNAの起源である可能性、ウイルスがエネルギー代謝を行う可能性を検討しています。

微生物生態系と地球環境との関係解明

  • 地球スケールの超大規模オミクスデータ・環境データから、生態系における種間相互作用が生態系動態と環境変動におよぼす影響を解明するための研究をしています。
  • 生物炭素ポンプ(プランクトンが深海に沈降することによる二酸化炭素の海洋深部への輸送)にウイルスが影響を与えているのかについて考えています。
  • 生物多様性の意義、なぜコップ一杯の海や池の水に数千もの生き物がうごめいているのでしょう?そんな根本的な疑問にも答えようとしています。
  • 注目しているのは海洋だけではありません。大腸癌、潰瘍性大腸炎、慢性膵炎に着目して腸内細菌を研究しています。近畿大学の櫻井先生らのグループとの共同研究です。腸内細菌の組成や相互作用が、健常者と患者ではどのように異なるのかについて明らかにしたいと考えています。

生物情報技術の開発

  • オミクスデータを統合するインターネットリソース「ゲノムネットDBGET/LinkDB」を開発しています。
  • ウイルスプロテオミックツリー作成ツール(ViPTree)を開発しています。
  • 毎月1万件のアクセス(ユニークIP)を誇るVirus-Host DBを開発・提供しています。
  • ウイルス自動分類システムの開発も目指しています。
  • オーソログデータベースの開発KEGG OCの開発(DBCLS五斗先生との共同)。
  • KEGGオーソログの自動割り当てシステム(KofamKOALA)を最近公開しました。
  • メタゲノムデータベースMGENESの開発。
  • 系統樹作成ツールTREEは、なんと論文のMethodに書くべき文章まで出力してくれます!

公開データ・ソフトウェア

外部資金プロジェクト

  • R1-R5年度(2019-2023年度)科研費基盤研究(S)「凝集体生命圏:海洋炭素循環の未知制御機構の解明(19H05667)」(代表:永田俊、分担:緒方博之)
  • H31-R3年度(2019-2021年度)科研費若手研究「海洋植物プランクトンの多種共存が生態系機能に与える影響の実験的解明(19K15895)」(代表:遠藤寿)
  • H31-R3年度(2019-2021年度)科研費基盤研究(B)「熱帯・亜熱帯域から極域までの全球海洋観測から明らかにする海洋窒素固定の統合的理解(19H04263)」(代表:塩崎拓平、分担:遠藤寿)
  • H30-H33年度(2018-2021年度)科研費基盤研究(B)「巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明(18H02279)」(代表:緒方博之)
  • H29年度(2017年度)公益財団法人京都大学教育研究振興財団研究活動推進助成「水圏環境中における巨大ウイルス群の多様性と生態の本質的解明に関する研究」(代表:緒方博之)
  • H29-H31年度(2017-2019年度)科研費基盤研究(B)「包括的ビローム解析に基づくウイルス海洋学の創成基盤(17H03850)」(代表:吉田天士、分担:緒方博之)
  • H29-H31年度(2017-2019年度)科研費基盤研究(B)「珪藻姉妹群パルマ藻と原始型中心珪藻の比較生物学による珪藻の起源・繁栄機構の解明(17H03724)」(代表:桑田晃、分担:緒方博之)
  • H28-H30年度(2016-2018年度)科研費基盤研究(B)(特設分野研究)「文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用(16KT0020)」(代表:小谷野仁、分担:緒方博之)
  • H28-H32年度(2016-2020年度)新学術領域研究(研究領域提案型)(計画研究)「水圏におけるウイルス-宿主間の感染・共存機構の解明(16H06437, 16H06429, 16K21723)」(代表:長崎慶三、分担:緒方博之)
  • H28-H32年度(2016-2020年度)科研費基盤研究(S)「時空間探索による一酸化炭素資化菌の包括的研究とその応用基盤の構築(17H03850)」(代表:左子芳彦、分担:緒方博之)
  • H26-H28年度(2014-2016年度)科研費基盤研究(C)「海洋巨大ウイルス・ヴァイロファージ・真核生物の包括的エコシステム解析(26430184)」(代表:緒方博之)

化学研究所/国際共同利用・共同研究拠点

  • 2020-27「Revealing associations between giant viruses and eukaryotes in the global ocean through community networks inference and mining」(代表:Samuel Chaffron、共同研究者:遠藤寿)
  • 2020-28「Unveiling the genomic contents of ecologically important marine giant viruses」(代表:Tom Delmont、共同研究者:緒方博之)
  • 2020-29「リモートセンシングデータに基づく海洋微生物群集の予測法の開発」(代表:富井健太郎、共同研究者:緒方博之)
  • 2020-31「巨大ウイルスのゲノム・トランスクリプトーム解析」(代表:武村政春、共同研究者:緒方博之)
  • 2020-32「海産細菌捕食性原生生物の全ゲノム解析」(代表:片岡剛文、共同研究者:遠藤寿)
  • 2020-33「パルマ藻・珪藻の祖先的形質の解明に向けた比較ゲノム解析」(代表:佐藤晋也、共同研究者:緒方博之)
  • 2019-29「Network analyses for data-driven exploration and hypothesis testing in microbial ecology」(代表:Samuel Chaffron、共同研究者:Romain Blanc-Mathieu)
  • 2019-30「Distribution of prasinoviruses and their association with natural hosts in the global ocean」(代表:Nigel Grimsley、共同研究者:遠藤寿)
  • 2019-33「赤潮頻発性閉鎖海域の微生物生態系にウイルスが及ぼす影響の解明」(代表:長崎慶三、共同研究者:遠藤寿)
  • 2019-34「新規巨大ウイルスの単離とゲノム・トランスクリプトーム解析」(代表:武村政春、共同研究者:緒方博之)
  • 2019-35「環境サンプルからの赤潮藻類の濃縮とその藻類に感染するウイルスの同定」(代表:吉田天士、共同研究者:緒方博之)
  • 2018-30「既知微生物ゲノム情報に基づく培養条件の予測法開発」(代表:五斗進、共同研究者:緒方博之)
  • 2018-31「赤潮発生後の生態遷移における巨大ウイルスの生態学的役割の解明」(代表:長崎慶三、共同研究者:緒方博之)
  • 2018-32「日本の水環境からの新規巨大ウイルスの単離とゲノム解析研究」(代表:武村政春、共同研究者:緒方博之)
  • 2017-24「日本の温泉水から分離した新たな大型DNAウイルスのゲノム解析研究」(代表:武村政春、共同研究者:緒方博之)
  • 2017-25「赤潮頻発性閉鎖海域における巨大ウイルス探索: dsDNA ウイルス進化を巡る新仮説構築に向けて」(代表:長崎慶三、共同研究者:緒方博之)
  • 2017-26「MAPLE とGENIES を組み合わせたゲノム・メタゲノム配列からの新たな代謝機能予測法」(代表:高見英人、共同研究者:緒方博之)
  • 2016-28「MiSeq によるメガウイルス科DNA ポリメラーゼのアンプリコン解析」(代表:吉田天士、共同研究者:緒方博之)
  • 2016-30「パルマ藻の集団ゲノム比較解析」(代表:桑田晃、共同研究者:緒方博之)
  • 2015-39「パルマ藻と珪藻の比較ゲノミクス」(代表:桑田晃、共同研究者:緒方博之)
  • 2015-125「メガウイルスファミリー特異的なアンプリコン解析のためのPCRプライマー設計」(代表:吉田天士、共同研究者:緒方博之)