研究

現在の主な研究内容

巨大ウイルスのゲノム解析

  • 自然界には細胞性生物に匹敵するほどの粒子経・ゲノム長を誇る巨大なウイルスがいます。なぜ単純なはずのウイルスが、それほどまでに巨大なのか?どのように進化の道のりを経てきたのか?生態系での役割は?そんなことを中心課題として研究を進めています。
  • 現在は、温泉から分離された巨大ウイルスの研究(東京理科大・武村政春教授との共同研究)、全てのtRNA種を保持するジャンボファージの研究(広島大学名誉教授、山田隆先生との共同研究)を進めています。

海洋微生物メタゲノム解析

  • 地球スケールの超大規模オミクスデータ・環境データから、生態系における種間相互作用が生態系動態と環境変動におよぼす影響を解明するための研究をしています。
  • 例えば、生物炭素ポンプ(プランクトンが深海に沈降することによる二酸化炭素の海洋への吸収)にウイルスが影響を与えているのかについて研究を進めています。
  • 注目しているのは海洋だけではありません。大腸癌、潰瘍性大腸炎、慢性膵炎に着目して腸内の細菌を研究しています。近畿大学の櫻井先生らのグループとの共同研究です。腸内細菌の相互作用が、健常者と患者ではどのように異なるのかについて明らかにしたいと考えています。

新しいバイオ情報技術の開発研究

  • オミクスデータを統合するインターネットリソース「ゲノムネット」を開発しています。
  • ウイルスゲノム解析システム(ViPTree)の開発。
  • さらにパワフルなウイルス分類システムの開発を目指しています。
  • オーソログデータベースの開発(DBCLS五斗先生との共同)。KEGGオーソログの自動割り当てシステムについて研究しています。
  • メタゲノム解析システムMAPLEのサービス提供(JAMSTEC高見先生、DBCLS五斗先生との共同)。
  • 抗原変異データベース(varDB)の提供(DBCLS五斗先生による開発)。

データベースプロジェクト

  • DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム
  • KEGG/MGENES: メタゲノムデータベース
  • Virus-Host DB: ウイルスと宿主のデータベース

公開データ・ソフトウェア等

外部資金プロジェクト

  • H30-H33年度(2018-2021年度) 科研費基盤研究(B) 「巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明」(代表:緒方博之)
  • H29年度(2017年度) 公益財団法人京都大学教育研究振興財団研究活動推進助成 「水圏環境中における巨大ウイルス群の多様性と生態の本質的解明に関する研究」(代表:緒方博之)
  • H29-H31年度(2017-2019年度) 科研費基盤研究(B) 「包括的ビローム解析に基づくウイルス海洋学の創成基盤」(代表:吉田天士、分担:緒方博之)
  • H29-H31年度(2017-2019年度) 科研費基盤研究(B) 「珪藻姉妹群パルマ藻と原始型中心珪藻の比較生物学による珪藻の起源・繁栄機構の解明」(代表:桑田晃、分担:緒方博之)
  • H28-H30年度(2016-2018年度) 科研費基盤研究(B)(特設分野研究) 「文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用」(代表:小谷野仁、分担:緒方博之)
  • H28-H32年度(2016-2020年度)新学術領域研究(研究領域提案型)(計画研究) 「水圏におけるウイルス-宿主間の感染・共存機構の解明」(代表:長崎慶三、分担:緒方博之)
  • H28-H32年度(2016-2020年度) 科研費基盤研究(S) 「時空間探索による一酸化炭素資化菌の包括的研究とその応用基盤の構築」(代表:左子芳彦、分担:緒方博之)
  • H26-H28年度(2014-2016年度) 科研費基盤研究(C) 「海洋巨大ウイルス・ヴァイロファージ・真核生物の包括的エコシステム解析」(代表:緒方博之)