Workshop for emerging technologies and perspectives in lake microbial ecologyを開催しました2024年08月11日

スイスのチューリッヒ大学、韓国のインハ大学、早稲田大学、京大生態研等の研究者らが集い、湖を中心とする水圏微生物生態学の最新の技術や知見について情報交換を行いました[⇒京大化研ウェブサイトの記事]。また岡嵜先生がホストとなり、チューリッヒ大学の研究者らと合同で琵琶湖調査を行いました。 ...

張瑞軒さん（D3）がViruses of Microbes 2024にて、Best Archaeal and Eukaryotic Viruses Poster Presentation賞を受賞しました。おめでとうございます。2024年07月19日

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岡嵜先生らがチューリッヒ大学の陸水学研究所を訪問しました2024年05月20日

岡嵜先生とMonicaさんが共同研究先のチューリッヒ大学の陸水学研究所を訪問しました。合同ワークショップで研究成果発表と意見交換を行い、チューリッヒ湖での微生物サンプリングを行いました。 ...

岡嵜先生の和文総説「技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線」がオンライン公開されました。2024年04月09日

岡嵜先生が陸水学会吉村賞の受賞総説として取りまとめた「技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線」が陸水学雑誌よりオンライン公開されました。湖沼微生物生態学におけるドライとウェットの様々な技術を、歴史から実践まで、これまでの成果とこれからの展望を交えながら紹介しています。...

比較ゲノム解析を効率化するアライメント可視化ウェブサーバー「DiGAlign」の論文が公開されました。2024年03月30日

当研究室出身の西村陽介さん（現 海洋研究開発機構）と、当時学部生だった山田航平さんらと共同で、比較ゲノム解析におけるアライメントの可視化を柔軟に行うことができるウェブサーバーDiGAlignを開発し、論文がMicrobes and Environments誌でオンライン公開されました。詳しくは化研研究トピックスもご覧ください。...

卒業生の金子博人さんが学位記授与の際に、研究室訪問して下さいました。2024年03月25日

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伴広輝さんの学位公聴会がありました。博士論文の題は「オミクスデータに基づくパルマ藻の進化・生態の解明」です。素晴らしい公聴会でした。2024年03月12日

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仏CNRSのDavid Demory博士を招き、定量的ウイルス群集動態モデリングに関する講演およびハンズオンセミナーをしていただきました。2024年03月04日

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Ruixuanと佐々木君がBIC presentation dayで最優秀賞、優秀賞を受賞しました。おめでとうございます。2024年03月01日

Ruixuan Zhang "A giant virus creates its own subcellular environment to overcome the codon-tRNA mismatch" 最優秀賞 Hiroto Sasaki "Estimation of the global oceanic distribution of different fo...

モニカさんと陳さんの修論発表会がありました。大変素晴らしい発表でした。2024年01月30日

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卒業生の金子博人さんと、研究員の孟令杰さんの学位公聴会が開催されました。二人とも、素晴らしい研究発表でした。2024年01月17日

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カリフォルニア州立大学サンマルコス校の学生と教員23名がバイオインフォマティクスセンターを見学しました。2024年01月15日

緒方研（緒方先生、Russellさん）、スパコン、金久ラボラトリーズ（金久先生）、馬見塚健（ハオ先生）、阿久津研（田村先生）のそれぞれから研究紹介がありました。 ...

東京農工大学 仲井まどか教授、名古屋大学 浜島りな助教らのグループと研究室間交流ワークショップを開催しました。2023年12月27日

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研究員の孟令杰さんがミルスウイルス門の発見により、第28回京大化研奨励賞を受賞しました。おめでとうございます！2023年12月01日

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岡嵜先生がスペインのアリカンテで行われたThe Local Pangenome ワークショップで研究成果を発表しました。2023年11月01日

孟令杰さんの論文がNature Communicationで発表されました。おめでとうございます！2023年10月12日

研究員の孟令杰さんは、巨大ウイルスの極域適応が、進化の過程で頻繁に起き、遺伝子組成を改変することにより適応が進んだ可能性を提示しました。 https://www.nature.com/articles/s41467-023-41910-6 この論文はNature CommunicationsのEditor's Highlightに選ばれました。近年のNature Commu...

秋の恒例、BICピクニックが開催されました。お肉がとても美味しかったです。2023年10月12日

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修士1年のZhao Hongda君の論文が Virus Evolution に受理されました。おめでとうございます。2023年10月04日

この研究では、菌類（菌根菌という植物の根に共生する菌類）に二本鎖DNAウイルスである巨大ウイルスのゲノムを見つけました。菌類には二本鎖DNAウイルスは現在知られていません。本研究により、菌類にも二本鎖DNAウイルス、そして巨大ウイルスが感染している可能性が極めて高いことが示唆されます。 Hongda Zhao, Ruixuan Zhang, Junyi Wu, Lingj...

Pascal Hingamp特別招へい准教授が帰国されました2023年09月30日

Pascal先生は、8月1日より化学研究所に着任され「Hands-on Introduction to Bioinformatics」というタイトルで教養・共通教育集中講義を行なってくださいました。2カ月間、自国フランスでの仕事がありながら京都大学での教育にご尽力をいただきました。研究室の若手メンバーも2名授業に参加させていただきました。 ありがとうございました。Merc...

緒方先生が、ウイルス学若手研究会で、「常識外れの巨大ウイルスの生態・進化」と題して講演しました。2023年09月29日

室戸サンプリング2023年09月24日

Wenwenさん主導で、佐々木君、パスカル先生、ラッセル先生、緒方先生らが、室戸の高知県海洋深層水研究所にて9/22に深層水試料を採取しました。かなりハードなサンプリングでした。 ...

緒方先生が、高槻中・高等学校で授業を行いました。2023年09月20日

授業のタイトルは「ウイルス界への招待：ウイルスと私たち、ウイルスと地球環境」です。 ...

岡嵜先生がチューリッヒ大学のLimnological Stationを訪問しました2023年09月12日

京都大学とチューリッヒ大学の戦略的パートナーシップの支援を受けて、岡嵜先生がチューリッヒ大学のLimnological Stationを訪問し、琵琶湖とチューリッヒ湖を基盤とした今後の共同研究の拡大に向けた情報交換やセミナーを行いました。 ...

岡嵜先生がエストニアで行われたSymposium on Aquatic Microbial Ecologyで研究成果を発表しました。2023年08月26日

エストニアのタルトゥで行われたSymposium on Aquatic Microbial Ecology (SAME17)にて、岡嵜先生が琵琶湖の細菌のシングルセルゲノム解析の研究成果をSingle cell genomics uncovered uncultured virus-host links in a deep freshwater lakeという演題で発表しました...

巨大ウイルスに興味を持つ岩手県の福岡中学校三年の千葉ヘンリ君が、８月４日と１０日の２日間にわたり研究室を訪問して下さいました。2023年08月10日

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疋田先生を筆頭著者とする論文が Environmental Microbiologyに掲載されました。おめでとうございます。2023年08月07日

A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses using MinION sequencing. Hiroyuki Hikida, Yusuke Okazaki, Ruixuan Zhang, Thi Tuyen Nguyen, Hiroyuki Ogata http://doi.org/10.1111/14...

早稲田大学竹山研究室と合同ワークショップを行いました。2023年07月26日

Takeyama Lab & Ogata Lab Workshop Venue: Bioinformatics Center, Institute of Chemical Research, Kyoto University July 25th (Tuesday) 14:00-15:00 Seminar by Prof. Shinichi Sunagawa...

ETH ZurichのShinichi Sunagawa博士に講演をしていただきました。2023年07月25日

講演タイトルは「The ocean microbiome as a treasure trove for novel taxa, enzymes and bioactive compounds」でした。 ...

疋田先生が筆頭著者の論文「A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses using MinION sequencing」がEnvironmental Microbiologyに受理されました。おめでとうございます。2023年07月21日

A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses only using MinION sequencing Hiroyuki Hikida*, Yusuke Okazaki, Ruixuan Zhang, Thi Tuyen Nguyen, Hiroyuki Ogata ハンディ―なナノポアロングリードシーケン...

大隅基礎科学創成財団主催の微生物コンソーシアム第8回全体会で、緒方先生が「今まさに進化している「ウイルスの理解」」と題して講演を行いました。2023年07月18日

大隅良典先生、西村陽介さんとの記念写真です。 ...

博士課程の伴広輝さんが筆頭著者の論文がCommunications Biologyに掲載されました。2023年07月07日

珪藻は地球上の光合成の約20%を担い、種数では10万種に及ぶとされ、水圏で最も繁栄している植物プランクトンである。今回、こんな植物プランクトンの勝者とも言える珪藻の繁栄の進化的理由に迫るべく、珪藻と姉妹群の植物プランクトンであり、生態学的には未解明の部分の多いパルマ藻と比較ゲノム解析を行った。その結果、パルマ藻はファゴサイトーシスを行う貪食混合栄養性であることが判明した。したが...

著名な数理生物学者 Joshua Weitz 教授（メリーランド大学）が緒方研を訪問しました。ウイルス生態学に関する分かりやすいセミナーをしていただきました。2023年07月07日

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化研のOBでもあり、Purdue大学教授の木原大亮先生に、cryo-EMからタンパク質構造を構築する手法開発のセミナーをしていただきました。2023年06月28日

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海洋マイクロバイオームワークショップをバイオインフォマティクスセンターにて開催しました。2023年06月16日

海洋マイクロバイオームワークショップ 日時：2023年6月6日（金）11:50～17:00 場所：京都大学化学研究所総合研究実験1号棟CB207 目的：地球温暖化や気候変動といった地球規模の環境問題を解決する上で、「海洋マイクロバイオームが環境変化からいかなる影響を受け、どのように応答するのか」を理解することは、極めて重要な課題である。本ワークショップでは、マイクロバイオ...

医生物学研究所の望月研（数理生物学）と緒方研で合同ワークショップを行いました！2023年06月14日

ラッセルさんの誕生日をお祝いしました！みんなで楽しい時間を過ごさせてもらいました！2023年05月31日

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伴君（博士課程学生）の論文が Communications Biology に受理されました。おめでとうございます！2023年05月31日

伴君が筆頭著者のパルマ藻と珪藻のゲノム比較論文がCommunications Biologyに本日受理されました。現在、繁栄を極めている珪藻が、何故進化的繁栄にたどり着いたのか、それを解明しています。最も重要だったのは、混合栄養生物として生きてたパルマ藻と珪藻の共通先祖が、珪藻の系統で突如、独立栄養（光合成によるエネルギー獲得）に舵を切ったことが、珪藻の成功の鍵となったのです。...

JAMSTECの西村陽介博士とウイルス遺伝子・ゲノムのデータベース構築に関する研究打ち合わせを行いました。2023年05月18日

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遠藤寿先生が第7回海洋化学奨励賞U40（公益財団法人海洋化学研究所）を受賞しました。おめでとうございます！2023年04月22日

新規ウイルス門 Mirusviricota（ミルスウイルス門）の発見に関する研究成果が、Nature誌に掲載されました！2023年04月20日

Tom Deloment、Morgan Gaia、Patrick Forterre、Mart Krupovikらとの共同研究により進めてきたミルスウイルスの発見に関する研究成果です。当研究室のLingjie Meng君が共同筆頭著者となっています。 プレスリリース→ https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-04-20...

新たな「科」レベルの分類群 – マモノウイルス科（Mamonoviridae）の提案がICTVに採用されました。2023年04月19日

本研究室の張瑞軒（チョウ・ルイシャン）が筆頭著者の論文で提唱した、新たなウイルス「科」である「魔物」(Mamonoviridae)がICTVに正式に認められました。東京理科大で分離されたメドゥーサウイルス・メドゥーサエと当研究室（京大）で分離されたメドゥーサウイルス・ステヌスという2種のウイルスが「魔物」に分類されます。[ ICTV Taxon Details ]...

研究室の新メンバー４名です！研究生活を楽しんで下さい！2023年04月13日

右から佐藤先生、菊矢さん（M1）、佐々木君（B4）、唐威さん（M1）です。 ...

岡崎先生が筆頭著者の論文「A fast and easy method to co-extract DNA and RNA from an environmental microbial sample」がMicrobes and Environments誌から発表されました。2023年03月16日

環境微生物サンプルからDNAとRNAを簡便に抽出できる手法を開発し、短報として報告しました。様々な環境サンプルのメタゲノムやメタトランスクリプトーム解析に役立つ手法として活用されることを期待しています。論文リンク：https://doi.org/10.1264/jsme2.ME22102...

岡崎先生が北海道の然別湖で結氷期調査を行いました2023年03月16日

昨夏の調査に引き続いて、とかち鹿追ジオパーク推進協議会にご協力いただき、南山大学等の研究者らと共同で、岡崎先生が然別湖の調査を行いました。凍った湖に穴を空けて、約100mの水深から採水を行い、得られた微生物サンプルのメタゲノム解析を進めていきます。 ...

呉君とIvyさんが修士論文発表会で、研究発表をしました。少し緊張していたとのことです。でも、大変立派に発表を終えました。お疲れ様でした。2023年01月31日

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齊藤宏明先生（東京大学大気海洋研究所）、Liu Hongbin先生（香港科学技術大学）、4月からJSPS PDで研究室に来る佐藤拓哉さん（東大）らが研究室を訪問して下さいました。WenwenとQingweiも先生方に研究紹介を行いました。盛りだくさんの一日でしが、海洋生物学者の訪問を受けるのバイオインフォ中心の研究室にとって大変喜ばしいことでした。2023年01月20日

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Qingweiさんと遠藤先生がJAMSTEC/東大大気海洋研の新青丸KS-22-15次研究航海に参加しました。2022年10月31日

同グループは、九州南部–琉球列島付近の黒潮内側から流軸域にかけて観測を行い、海水DNA/RNA試料の採取やマリンスノーキャッチャーによる凝集粒子捕集、ウイルス溶菌の定量化実験を行いました。 [gallery ids="4952,4953,4950,4954,4951"]...

遠藤先生が筆頭著者の論文「Haptophyte communities along the Kuroshio current reveal their geographical sources and ecological traits」がMolecular Ecologyから発表されました。2022年10月31日

この論文では、南北2000 km以上にわたる黒潮上流–下流域の主要な植物プランクトン系統の一つであるハプト藻類の分布や地理起源、生態特性を明らかにしました。国内特許を取得した連続自動海水濾過システム（発明者 鈴木光次 北海道大学教授他）、定量的DNAメタバーコーディング、およびナノモル濃度レベルの高感度栄養塩分析等の先端技術が用いられました。これら複合的手法によりオミックスデー...

Samuelさんのお土産のガトーブルトン（ブルターニュ地方のケーキ）と海藻のタプナードを皆で美味しくいただきました。2022年10月25日

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研究室学生８名がSamuelさんとMarinnaさんにフラッシュトークのプレゼンテーションを行いました。皆、大変素晴らしい発表でした。Ivyさん、孟さん、Ruixuanさんの発表に2022年Chaffron賞が授与されました。2022年10月24日

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Samuel Chaffron博士にプランクトン相互作用に関する講演をしていただきました。2022年10月24日

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マリナさん（仏国ナント大学、院生）にセミナーをしていただきました。種間相互作用中心的ビジョンで気候変動が生態系に及ぼす影響の研究をしています。２週間ほど研究室に滞在します。2022年10月19日

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友愛の丘でBICピクニックです。天気も良く楽しい一日でした。2022年10月14日

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チェコ科学アカデミーより来日したMichaela Salcher博士、Markus Haber博士、Cecilia Chiriac博士らと共同で、岡﨑先生が琵琶湖・猪苗代湖・中禅寺湖・洞爺湖の微生物サンプルの採集を行いました。2022年10月05日

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96 wellプレートをスクリーニングできるフローサイトメーター「CytoFLEX」が納品されました。微生物やウイルスのカウントや培養が一気に効率化します！2022年09月24日

岡崎友輔先生が日本陸水学会から、陸水研究に優れた研究業績を上げている若手会員を表彰する賞の「吉村賞」を受賞されました。おめでとうございます！2022年09月18日

岡﨑先生が北海道の然別湖で微生物サンプルの採集を行いました2022年09月07日

とかち鹿追ジオパーク推進協議会にご協力いただき、南山大学等の研究者らと共同で、岡﨑先生が然別湖（最大水深約100m）の微生物サンプルの採集を行いました。然別湖は国内では最も寒冷な場所に位置する大水深淡水湖であり、その深層にどのような微生物叢が生息しているのか、今後の解析が楽しみです。 ...

スイス・ローザンヌで行われた国際微生物生態学会（ISME）にて、岡﨑先生が琵琶湖ロングリードメタゲノム研究について口頭発表しました。2022年08月21日

なぜ海洋ウイルスは重要なのか？2022年07月29日

Nature Methodに「Why the ocean virome matters」という記事が掲載されました。緒方先生も取材協力をしました。 https://www.nature.com/articles/s41592-022-01567-3...

台湾から１年研究員で滞在されたChi-Yuさんが、今日で研究室最後の日となりました。１年間ありがとうございました。2022年07月28日

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研究室の中間研究発表会。夏君、Qingwei、Junyi、Ivy、Wenwen、伴君が素晴らしい研究報告をしました。2022年07月26日

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緒方先生がNHK BS番組「コズミックフロントーウイルスプラネット」に出演しました。2022年07月21日

武村先生（東京理科大）、長崎先生（高知大学）、パトリック・フォルテール（フランス）も出演しました。NHKオンデマンドでも有料配信しています。 コズミック　フロント　「ウイルスプラネット」　配信ページ https://www.nhk-ondemand.jp/goods/G2022121521SA000/ 購入期限：2023年7月18日  ...

ロマン先生が研究室を訪問されました。「A structural classification for plant transcription factors」と題して講演していただきました。2022年07月19日

琵琶湖最深地点での採水と採泥2022年06月29日

生態学研究センターの調査船に乗せてもらい、研究室メンバーが琵琶湖でのサンプリングを行いました。天候に恵まれ、琵琶湖北湖の最深地点（103m）にて採水、プランクトンサンプル、底泥コアの採集を予定通り終えることができました。 ...

生物炭素ポンプの研究で著名な仏国CNRSのLionel Guidi博士が研究室を訪問し講演して下さいました。2022年06月23日

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仏国CEA所属の進化学研究者Morgan Gaia博士が研究室に2週間滞在しています。2022年06月22日

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ベルゲン4日目2022年06月16日

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ベルゲン3日目です2022年06月15日

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ベルゲンでのMeetingが始まりました2022年06月14日

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ベルゲンに到着しました2022年06月13日

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Meeting最終日！2022年06月10日

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第3日目！遠藤先生、有難うございました2022年06月09日

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Meeting 2日目！孟さんの発表です2022年06月08日

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Tara Meeting 始まりました2022年06月07日

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無事にニースに到着！2022年06月05日

緒方先生、遠藤先生、孟君がニースに無事到着しました。いよいよTara Retreat Meetingが始まります。...

NECHES, Russell Youngさん来日！2022年05月30日

学振外国人特別研究員のRusselさんがアメリカより来日しました。一年間宜しくお願いいたします。...

宮春杰さん来日！2022年05月23日

ポスドクの宮春杰さんが中国より来日しました。一年間宜しくお願いします。...

岡嵜先生が メタゲノミクスフォーラム で「Long- and short-read-resolved microdiversity of lake bacterioplankton genomes」について講演を行いました。2022年04月21日

METAGENOMICS FORUMはスペイン、ミゲル・エルナンデス・デ・エルチェ大学のFrancisco Rodriguez-Valeraさんがオーガナイズしているセミナーシリーズで、W. Ford Doolittle、Edward F. DeLong、David Moreira、Eduardo Rocha、Frank O. Aylwardなど著名な研究者がこれまでに講演して...

緒方先生が第12回 Asian Symposium on Microbial Ecologyで「Viruses as part of Earth’s life system」について基調講演を行いました。2022年04月18日

12th Asian Symposium on Microbial Ecology --> http://asme2022.com/...

ドイツからジュリオさん（Giulio Benedetti）が短期滞在で研究室に配属されました。2022年04月14日

新入生歓迎BBQ会。2022年04月11日

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本日、Paula Prondzinskyさんのセミナーでした。タイトルは「Adaptations of Methanogenic Archaea to Different Temperature Environmnets 」ありがとうございました！2022年04月07日

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緒方先生、お誕生日おめでとうございます！2022年04月04日

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東工大より短期インターシップでPaula Prondzinskyさんが来られました。2022年04月04日

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夏駿さんの論文「Tight association between microbial eukaryote and Imitervirales communities in the Pacific Arctic Ocean」がLimnology and Oceanographyに受理されました。おめでとうございます。2022年03月28日

Tight association between microbial eukaryote and Imitervirales communities in the Pacific Arctic Ocean. Jun Xia, Sohiko Kameyama, Florian Prodinger, Takashi Yoshida, Kyoung-Ho Cho, Jinyo...

フロリアンさんの学位公聴会が開催されました。沿岸域におけるイミテルウイルスの群集動態に関わる、5年間にわたる博士課程での研究を発表しました。2022年03月22日

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卒業生の加藤恭崇さんが研究室を訪問しました。社会に出てからのご経験に関しての講演もしていただきました。2022年03月11日

講演では、自分の位置を業界におけるカテゴリー分類の中で位置づけて理解することの重要性、稟議書を書いて多くの上司に判子をもらわなくてはいけない面倒、組織図を理解することの重要性、新規上場（IPO: Initial Public Offering）アドバイザーとしての仕事、上司との上手な付き合い方（公私を混ぜない）、就活の心得について熱いメッセージをいただきました。学生もとより教員...

チーユーさん（Chi-Yu Shih）がバイオインフォマティクスセンターの研究発表会で優秀発表賞 (BEST PRESENTATION AWARD – Runner Up) を受賞されました。おめでとうございます！2022年03月04日

橋本君が修士論文の発表を行いました。大変すばらしい発表でした。お疲れ様でした。2022年02月14日

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キンバリーさん、張君、木島君が修士論文発表会で修論を発表しました。素晴らしい成果の素晴らしい発表でした。2022年02月01日

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疋田弘之先生が助教に就任しました。疋田先生のご専門はウイルス学で、京大では巨大ウイルスの新規単離、ウイルス学的特徴づけ、オミクス解析を利用した感染戦略の解明、遺伝子欠損株作出等の遺伝学的アプローチによる遺伝子機能解析を行い、巨大ウイルスを巨大たらしめる生物機構の解明を目指します。2022年02月01日

フロリアンさんが筆頭著者の論文が受理されました！おめでとうございます！2021年12月24日

フロリアンさんらは赤潮発生域として知られる高知県浦ノ内湾で2017年1月から１年半の期間に採取されたサンプルを、最新の環境ゲノミクスで解析し、真核微生物、原核生物、イミテビラレス（巨大ウイルスの１目、真核微生物を宿主とする）の長期群集動態を観察しました。その結果、どの微生物群集も季節変動を示すことを明らかにしました。興味深いことに、春と秋は環境条件が類似しているにもかかわらず、...

研究室メンバーでクリスマスパーティーが開催されました。2021年12月23日

吉田研究室と合同でビンゴ大会が開催されました！2021年12月22日

遠藤先生が、巨大ウイルスの生物地理の研究で、京大化研奨励賞を受賞しました。おめでとうございます。今日の化研発表会では、遠藤先生は二つの講演でした。大活躍です。ご苦労さまでした。2021年12月10日

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紅葉狩り、東福寺にて2021年11月26日

みんないい顔してます。新メンバーのウェンウェンも仲間入りです。 ...

吉田研メンバーと真如堂へ散歩2021年10月29日

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Chi-Yuさん来日！2021年08月23日

ポスドクのChi-Yuさんが台湾から来日しました。植物プランクトンの環境適応がご専門です。１年間宜しくお願いします！ ...

琵琶湖でのサンプリング2021年07月16日

岡﨑先生の引率・オーガナイズのもと、研究室メンバーが琵琶湖でサンプリングを実施しました。採水、フィルタレーション、コア採取等を行いました。 ...

AVW10 Live Talkで遠藤先生、張さん、金子さん、孟さん、夏さんが発表しました2021年07月01日

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AVW10 Program Day-3 金久 實先生にお話いただきました2021年06月29日

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AVW10はじまりました！2021年06月27日

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西山さん、東京に行っても頑張ってください！2021年06月18日

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木島 壮一朗さん（修士課程）が筆頭著者の論文「Discovery of Viral Myosin Genes With Complex Evolutionary History Within Plankton」がFrontiers in Microbiologyに掲載されました。おめでとうございます。2021年06月07日

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孟令傑さん（博士課程）が筆頭著者の論文「Quantitative Assessment of Nucleocytoplasmic Large DNA Virus and Host Interactions Predicted by Co-occurrence Analyses」がmSphereに掲載されました。おめでとうございます。2021年04月22日

この論文では、ウイルス配列と真核生物配列の共起性に基づくウイルスの宿主予測法が、巨大ウイルスNCLDVに有効に機能することを世界で初めて、定量的に証明しました。また、系統関係の情報を利用した手法であるTaxon Interaction Mapper (TIM)が、さらに宿主の予測精度向上に貢献することを証明しました。 Quantitative Assessment of ...

新学期のラボミーティングが始まりました。気持ちを新たにして研究第一がんばりましょう！2021年04月05日

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疋田弘之さん（学振特別研究員PD）、山本智一さん（理M1）、井出詩菜さん（薬学B4）、山田航平さん（薬学B4）が研究室に新メンバーとして参加しました。2021年04月01日

西山拓輝さんが博士（薬科学）の学位を授与されました。おめでとうございます！2021年03月24日

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3月5日に開催された令和２年度化学研究所大学院生研究発表会にて、伴広輝さん（M2）が優秀講演賞を受賞しました。おめでとうございます。2021年03月08日

BIC Presentation Dayで孟令杰さんが金賞、金子博人さんが銅賞を受賞しました。おめでとうございます！2021年03月04日

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伴広輝さん修論発表会で発表しました。伴さんも発表の後、ほっとした笑顔で一杯です。お疲れ様でした。2021年01月29日

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西山拓輝さん（博士課程）が博士論文発表会で発表を行いました。長期にわたる研究の集大成でした。お疲れ様でした。2021年01月21日

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カッパウイルス（PkV RF01）のゲノム解読。解析論文がJournal of Virologyに受理されました。ロマン先生が筆頭著者で、ルス-アンヌ先生（ベルゲン大学、ノルウェー）との共同研究です。おめでとうございます！2021年01月16日

ロマン先生とルスーアンヌ先生のチームの共同研究です。海洋に広く部分布するプリムネシウム目のハプト藻Prymnesium kappaに感染する巨大ウイルスPkV RF01（プリムネシウムカッパウイルスRF01が正式な名前です）のゲノムと構造が明らかになりました。このウイルスのゲノムは藻類に感染するウイルスの中でも最長サイズを誇り、1.4Mbです。遺伝子も沢山コードしています。興味...

宇治の巨大ウイルス。メドゥーサの姉と判明。2021年01月07日

吉田亘騎さん、張瑠瑞軒さん、キンバリー・ガルシアさんらが発見し、解析し、執筆した論文がMicrobiology Resource Announcementsに掲載されました。 https://mra.asm.org/content/10/1/e01323-20。 宇治市、戦川（たたかいがわ、小さな川です）で発見されたこのウイルスは、ゲノム解析の結果、メドゥーサウイル...

金子君、ロマン先生が共同筆頭著者の下記の論文が iScience (Cell Press) に受理されました。おめでとうございます！2020年12月24日

Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean. Hiroto Kaneko, Romain Blanc-Mathieu, Hisashi Endo, Samuel Chaffron, Tom O. Delmont, Morgan Gaia...

張利雯（ZHANG Liwen）さん、陳婧潔（ Chen Jingjie）さんが新研究生として来日しました。2週間の隔離期間を含めてお疲れさまでした。研究生活を楽しんで下さい。2020年12月16日

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呉　君毅（WU Junyi）さんが新研究生として来日しました。2週間の隔離期間を含めてお疲れさまでした。研究生活を楽しんで下さい。2020年12月03日

岡崎友輔先生が12月１日より化学生命科学研究領域の助教に着任しました。2020年12月01日

楊青偉（Yang Qingwei、ヤン・チンウェイ）さんが新研究生として来日しました。２週間の隔離期間を含めてお疲れさまでした。研究生活を楽しんで下さい。2020年11月16日

西山拓輝さん（博士後期課程）は修士の時から一貫して腸内細菌と腸内ウイルスを研究してきました。その研究成果の一つが国際論文誌 Scientific Report に掲載されました。おめでとうございます！2020年11月05日

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33121006/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33154436/  ...

博士課程の西山拓輝さんが筆頭著者の論文「Ecological Structuring of Temperate Bacteriophages in the Inflammatory Bowel Disease-Affected Gut」がMicroorganismsに掲載されました。2020年10月27日

この論文では腸内細菌の少なくとも36%が機能的な（つまり活性を失っていない）溶原性ウイルスに感染していることを明らかにしました。ウイルスに感染している腸内細菌の系統は極めて多様でした。また、IBD患者の腸内で善玉菌（Bacteroides uniformis, Bacteroides thetaiotaomicro）に感染するウイルスが活性化（溶菌化）するのと同時に、これら善玉...

遠藤先生が筆頭著者の論文「Biogeography of marine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions」がNature Ecology & Evolutionに掲載されました。おめでとうございます！2020年09月08日

論文へのリンク→https://www.nature.com/articles/s41559-020-01288-w  ...

遠藤先生と広島大学の丸山先生のオーガナイズで、環境ウイルス研究集会（JSME Environmental Virus Meeting 2020）が開催されました。張君が最優秀学生講演賞を受賞しました。2020年09月05日

私たちの研究室からは、木島君がNCLDVのミオシンの発見、張君がメドゥーサウイルスのトランスクリプトーム解析の発表しました。張君が最優秀学生講演賞を受賞しました。おめでとうございます。遠藤先生、オーガナイズをありがとうございました。...

金子博人（博士課程）さんと橋本謙太郎（修士課程）さんが第９回生命医薬情報学連合大会でポスター発表をしました。2020年09月02日

金子博人（博士課程）さんと橋本謙太郎（修士課程）さんが第９回生命医薬情報学連合大会でポスター発表をしました。それぞれのタイトルは「深層学習を利用した人工衛星によるリモートセンシングに基づく海洋微生物組成予測法の開発」、「ニボルマブ由来のirAE大腸炎患者と潰瘍性大腸炎患者間における腸内細菌叢の比較解析」でした。沢山の参加者に説明する機会がありました。これからも、どんどん研究を進...

金子博人さん（博士課程）が生命情報科学若手の会 第12回研究会において「宇宙から海洋⽣態系を観測する：リモセン× メタゲノム」と題して発表を行い、優秀発表賞を受賞しました。おめでとうございます。2020年08月28日

Zoomによるラボミーティング風景ー元気そうで何よりです！2020年04月13日

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フロリアンさんの論文出版のお祝いです！新M1の木島君はお酒がとても強いそうです。もう馴染んでいますね。2020年04月06日

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博士課程のフロリアン・プロディンガーさんが筆頭著者の論文が Microorganisms に受理されました。おめでとうございます！2020年03月31日

論文は下記です。 An optimized metabarcoding method for Mimiviridae Florian Prodinger, Hisashi Endo, Yasuhiro Gotoh, Yanze Li, Daichi Morimoto, Kimiho Omae, Kento Tominaga, Romain Blanc-Mathieu...

京大農学研究科吉田研究室から嬉しいニュースです。私たちの研究室メンバーも大変お世話になっている博士課程の富永さんが筆頭著者の論文が Front. Microbiol. に受理されました。おめでとうございます！嬉しいニュースです！2020年03月30日

下記の論文です。 In silico prediction of virus-host interactions for marine Bacteroidetes with the use of metagenome-assembled genomes. Kento Tominaga, Daichi Morimoto, Yosuke Nishimura, Hiroyuki...

吉川元貴さんが博士課程を修了し、吉田亘騎さんが修士課程を修了し、宮崎うららさんが学部を卒業し、３名の優秀な学生が研究室から巣立ちました。沢山の楽しい思い出をありがとう。新しい職場、研究室でのますますのご発展、ご健勝をお祈りします！2020年03月28日

Tara Oceansのレビューが Nature Reviews Microbiology に受理されました。緒方先生が共著者となっています。2020年03月27日

"Tara Oceans: towards global ocean eco-systems biology" Shinichi Sunagawa, Silvia Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Damien Eveillard, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Daniele Iudicone, Eric K...

クマムシの歩く様子（宇治にて）！2020年03月01日

意外としっかり動く（動画）！ ...

研究室の送別会が開かれました。吉川元貴さん、吉田亘騎さん、宮崎うららさん、山本留美子さん、これまで研究室を支えて下さりありがとうございました。今後のご健勝とご発展をお祈りします。2020年02月26日

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西山拓輝さん（D3）が共同筆著者の下記の論文がBMC Gastroenterologyに受理されました。近大医学部の櫻井先生らのグループとの共同研究第２報です。おめでとうございます！2019年12月28日

Toshiharu Sakurai1*, Hiroki Nishiyama2*, Tomoyuki Nagai, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Masatoshi Kudo. Deficiency of Gankyrin in the small intestine is associated with augmented colitis accom...

吉川元貴さん（博士課程３年）が京大化研学生研究賞を受賞し、第１１９回化学研究所研究発表会で受賞講演を行いました。おめでとうございます！2019年12月13日

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ロマンさん送別会2019年12月06日

ロマン先生がフランスに帰国され、CEAで研究を続けることになりました。寂しいですが、ロマン先生おめでとうございます！みなで送別会をしました。今までありがとうございました。また、これからもご指導のほど、どうぞよろしくお願いします！母国でのさらなるご活躍とご発展とご家族のご多幸をお祈りします。 ...

パルマ藻の研究者が一同、京都に集結！2019年12月05日

パルマ藻のゲノム解析に関するミーティングをバイオインフォマティクスセンターで開催しました。...

JAMSTECの塩崎博士訪問2019年11月29日

JAMSTECの塩崎先生が遠藤先生との共同研究打ち合わせに研究室を訪問して下さいました。 ...

Ringberg Symposium of Giant Virus Biology2019年11月20日

ドイツ、テーガンゼーにあるリングバーグ城で、巨大ウイルスの生物学に関する会議が開催され、研究室からは緒方先生が参加しました。現地では、高知大学長崎慶三先生のギターで、「翼を下さい」「今日の日はさようなら」を東京理科大の青木さん、明石さん、深谷さんと緒方先生が合唱して、日本の美しい歌を紹介しました。 ...

環境ウイルス研究集会開催2019年11月02日

バイオインフォマティクスセンターで環境ウイルス集会が開催されました。遠藤先生がオーガナイザーをつとめました。孟君は優秀研究賞を受賞しました。孟君、おめでとうございます！ ...

Matt Sullivan京都訪問2019年11月01日

海洋ウイルス学の第一人者のMatt Sullivanが研究室を訪問して下さいました。大変刺激的でした。 ...

Tara Oceansの科学諮問委員との会合@バルセロナ2019年10月08日

今後のTara Oceansはどのようになるのでしょうか？皆でプロジェクトの行方について話し合いました。科学諮問委員（訳が正しいか分かりませんが、Scientific Advisory Boardです）の著名な科学者のご助言もいただきながら、皆で議論しました。Tara Oceans 10周年パーティも盛り上がりました。 ...

BICピクニック2019年09月27日

秋の楽しい一時でした！ ...

フロリアンさんが微生物生態学会でBest Presentation Awardを授与されました。おめでとうございます！2019年09月13日

発表の著者とタイトルは以下です。 Prodinger F., Endo H., Li Y., Tominaga K., Isozaki T., Gotoh Y., Yoshida T., Ogata H. Linking seasonal dynamics of Megaviridae and bloom forming eukaryotic phytoplankton ...

三原知子らの論文（Mihara et al., 2018）が「2018 Microbes and Environments論文賞選考委員会推薦優秀論文」に選ばれました。2019年09月13日

学会Webページ→http://www.microbial-ecology.jp/?page_id=4607 この論文では、メガウイルス科の分類学的多様性がバクテリアやアーキアの分類学的多様性を上回ることを示し、メガウイルス科ウイルスが多様な真核生物を宿主としていることを示唆しました。 Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds ...

微生物生態学会第33回大会が山梨大学で行われました。微生態らしいカジュアルな雰囲気の中で、研究発表・討論が盛んに行われました。2019年09月13日

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Tom Delmont（トム・デルモント）来日！2019年09月03日

メタゲノムからゲノムを再構築する方法（MAG法）の第一人者のTomがフランスから来日し、月曜日から研究室に滞在しています。月曜日はMAGに関する講演をしていただき、本日はanvi'oと呼ばれるバイオインフォマティクスツールの講習を行ってもらいました。素晴しい講演・講習で、研究室メンバーとの今後のインタラクションも楽しみです。20日まで滞在します。 ...

The Earth Is Small for “Leviathans”ー巨大ウイルスに地球はかくも小さきかな！2019年08月09日

卒業生の李君が筆頭著者の論文がMicrobes and Environmentsに掲載されました。PCR法（メガプライマー法という新規手法）により日本各地で検出されたメガウイルス科の巨大ウイルスが、世界の様々な地域（なんと南大西洋）でも検出されることを発見しました。この発見は、巨大ウイルスが地球上を循環・拡散していることを示唆します。しかし、その移動メカニズムについてはさらなる...

フランスのNigel Grimsley博士が研究室を訪問しました。同時に、卒業生の荒巻君も研究室に来てくれました。2019年07月24日

Nigel Grimsleyは化研の国際共共関連で来日しました。プラシノウイルスに関する共同研究について合わせをしました。荒巻君は、投稿している論文の査読が帰ってきたので、論文修正の打ち合わせで研究室に来ました。今日は休暇をとって訪問してくれました。夜は１０人ほどでカッパカントリーで飲み会しました。  ...

ノーベル賞科学者の野依先生の記事です。大変興味深いと思います。2019年06月26日

「... 特定の階層の、既得権の再確認であり、国家的には人的資源の大きな損失です。当人が預かり知らない外的要因で、18歳の時にその後の運命が決まっていいはずがない。将来の進路にもよるが、“規格品”が通用しない科学分野にとっては大問題です。ここでは要領の良さは通じません。守りの姿勢ではなく、全く無から有を生む、ひたむきな攻めの姿勢こそが求められるのです。...」 →記事...

赤潮のメッカ、高知県浦ノ内湾でサンプリングを実施中です。遠藤先生、礒崎君、孟君、夏君、緒方先生がサンプリングを行っています。2019年05月31日

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Tara OceansがCellのカバーを飾りました！2019年05月16日

Cell ...

緒方先生が、Patrick Forterre、Tom Delmont、Morgan Gaiaと真核生物の起源とウイルスの関係、NCLDVのMAGの解析について議論しました。2019年05月16日

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Tara Oceans ミーティング風景（パリ）2019年05月15日

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緒方先生に東京工業大学情報生命博士教育課程から感謝状が届きました。2019年05月08日

緒方先生は2012年11月～2014年3月の間、東京工業大学情報生命博士教育院(ACLS)に務めていました（特任准教授）。この度、ACLSが「平成29年度東京工業大学教育賞優秀賞」を受賞しました。下の感謝状は、ACLSの活動を牽引された秋山泰先生（東工大・教授）から元特任教員へ送られた感謝状の一つです。 ...

研究室の新メンバー４名です！研究生活を楽しんで下さい！2019年04月09日

左から宮崎さん（B4）、橋本君（B4）、キンバリーさん（研究生）、伴君（M1）です。 ...

ロマン先生と緒方先生が福井県立大学を訪問し、桑田先生、佐藤先生、吉川先生らとパルマ藻ゲノムに関して研究打ち合わせをしましたｌ2019年03月20日

緒方先生が「第2回感染症診断と治療におけるゲノム解析（東海大学伊勢原キャンパス）」で「地球規模海洋オミクスデータに基づく巨大ウイルスと生物炭素ポンプの関係の解明」と題して講演をしました。2019年03月15日

緒方研、ナイスな３人！2019年03月08日

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送別会2019年03月08日

三条のしゃぶしゃぶ店山福（あご出汁とバームクーヘン豚しゃぶしゃぶ店）で送別会が開催されました。修士修了の黒西さん、加藤君、荒巻君、李君おめでとうございます。１年間研究生だった姜君もBGIに就職が決定です。おめでとうございます。Wei-Tingさんも研究室滞在は２ヶ月程度と短い期間でしたが、日本滞在を楽しんでいただけたでしょうか？会の最後には「乾杯」をみなで歌いました。意外と皆さ...

台湾海洋大学博士課程のWei-Ting Chenさんが１月から研究室に滞在しています。海洋における浮遊性繊毛中が専門です。こちらの研究室ではバイオインフォマティクスの勉強をしています。時間がたつのは早いもので、来週には帰国の予定です。2019年03月06日

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バイオインフォマティクスセンターの発表会（BIC Presentation Day）で黒西さん、荒巻君、加藤君が研究発表を行いました。加藤君が、最優秀発表賞を受賞しました。2019年03月05日

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メキシコから来たナイスな学生さん、ロドリゴが今日帰国しました。また会えたらいいね！2019年02月19日

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修論完成祝い、博士編入試験終了祝い、我らがロドリゴの送別会を兼ねて、メキシコ料理屋（ロティーチキンアンドジャッキータコス）でパーティをしました！2019年02月15日

黒西さん、加藤君、荒巻君が修士論文の発表をしました。お疲れ様でした。2019年02月14日

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李君と金子君が修士論文の発表をしました。お疲れ様でした。2019年02月05日

金久實先生のクラリベイトアナリティクス引用栄誉賞受賞をお祝いして、バイオインフォマティクスセンター４研究室で祝賀会が催されました。金久先生への質問コーナーや演奏会があり、楽しいひと時を過ごしました。2019年01月11日

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クリスマス会（あるいは忘年会）、三条のトルコレストランで楽しい一時を過ごしました。みんないい顔してるね。2018年12月18日

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メキシコより短期インターンシップ生、ロドリゴさんが研究室に加わりました。2018年12月07日

今春に続いて二度目の来日です。頑張って下さい！！...

サンプリング終了！2018年11月30日

すべてのステーションのサンプリングを無事終了しました。 今は、程よい疲れを感じています。...

ある日の夕食2018年11月19日

ある日の夕食です。これを食べて元気を出して 夜のサンプリングも頑張ります！  ...

プランクトンネット2018年11月16日

プランクトンネットが海に入ったところ。クジラのようです。...

サンプリング機材です2018年11月16日

緒方研が主に利用しているＣＴＤロゼッタ。 ２４本のニスキンボトルを搭載しています。 巨大なプランクトンネット。...

インド洋2018年11月16日

インド洋の海の色です。植物プランクトンが かなり豊富です。 そして、海水を処理する遠藤先生。...

緒方先生と遠藤先生、白鳳丸でインド洋をサンプリング中！2018年11月13日

緒方先生と遠藤先生、連日でサンプリングに没頭されてます。 本日も早朝5時30分からのサンプリングでした。 体調を崩されないよう気をつけて頑張って下さい！！！...

BICピクニック2018年11月12日

BICピクニック。本年度は友愛の丘にて。...

新しく研究生が加わりました2018年10月26日

１０月より研究室に新たに３名の研究生が加わりました。孟　令傑（ムンレイジュ）さん、夏　駿（シャジュン）さん、張　瑞軒（チョウルイシャン）さんの３名です。...

サミュエルさんとつかの間の散策（黄檗・萬福寺）。2018年09月26日

雨の多い９月となってしまいましたが、サミュエルさんも週末は南紀に旅行にいったりして日本滞在を楽しまれているとのこと、なによりです。  ...

三原知子さん、小貫律子さんの学位授与式がありました。おめでとうございます。2018年09月25日

博士として、これからもますますのご活躍をお祈りします。 ...

金久先生がノーベル賞の有力候補となりました。すごい！2018年09月20日

金久先生が、2018年の「クラリベイト・アナリティクス引用栄誉賞」の受賞されました。この賞は過去には、山中伸弥先生などノーベル賞受賞者の研究者が受賞しています。金久先生、おめでとうございます。 https://www.asahi.com/articles/ASL9N5JQ9L9NULBJ00Y.html?iref=comtop_8_08 https://www.sa...

サミュエル・シャフロンさん、フランスから来日。2018年09月13日

サミュエル・シャフロンさん、フランスから来日。緒方研に３週間滞在予定。早くもシャフロン賞の創設を発表し、本日行われた研究発表会で、２つの賞を授与した。M2の加藤君がChaffron Best Presentation Award、D2の吉川君がChaffron Best Research Awardを授与されたのです。おめでとうございます！ ...

李君、パスカルさんが共同第一著者の論文が Viruses にアクセプトされました。おめでとうございます。タイトル、著者は以下です。2018年09月12日

フランスのパスカルさん、吉田グループ、緒方グループが2015年から開始したプロジェクトです。大阪湾で採取したたった１Lの海水サンプルに5000種以上のメガウイルスの仲間がいることが分かりました。修士の李君が最終的に論文に仕上げてくれました。→ Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in C...

三原知子さんが博士学位申請論文の発表を行いました。お疲れ様でした。2018年07月05日

永田俊先生（東京大学大気海洋研究所）が研究室を訪問しました。生物炭素ポンプに関する貴重なセミナーをしていただきました。2018年06月30日

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遠藤先生の論文、「Contrasting biogeography and diversity patterns between diatoms and haptophytes in the central Pacific Ocean」が Scientific Report に受理されました。この研究は北海道大学の鈴木光次先生との共同研究です。海洋で最も重要な植物性プランクトンである珪藻とハプト藻の分布を太平洋で調査し、これらの藻類の分布と多様性がそれぞれの藻類グループ固有の生存戦略を反映していることを解明しました。果てしなく広い海洋における微生物の分布を理論で説明できるなんて、凄いです！遠藤先生、おめでとうございます！2018年06月28日

伊藤さんのお別れ会を行いました。伊藤さん、２年半お世話になりました。2018年06月27日

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研究室の卒業生の三原さんが第一著者の論文がMicrobes and Environmentsに掲載されました。おめでとうございます！巨大ウイルスの一系統（メガウイルス科）の多様性が１つの超生物界（ドメイン）の多様性を上回る可能性を示唆したバイオインフォマティクス解析です。2018年06月01日

"Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean.", Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata https://w...

ウイルス圏実験室（Virosphere Lab）がついに始動しました！乞うご期待！2018年05月30日

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外丸裕司先生（国立研究開発法人水産研究・教育機構 瀬戸内海区水産研究所）がBICを訪問し、珪藻に感染するウイルスについて最新の研究結果とともに講演して下さいました。2018年05月25日

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ウイルス圏実験室（Virosphere Lab）を開始します。セットアップは遠藤先生が行いました！巨大ウイルス研究者の武村政春先生にご指導いただいた実験室です。初の実験は、今度の月曜、オーストリア出身のフロリアン（博士課程）が行う予定です。結果が楽しみですね！2018年05月18日

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緒方先生がTara Oceansコーディネータ会議（EMBL・ハイデルベルグ）に参加しました。2018年04月17日

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琵琶湖攻略！浦ノ内湾赤潮集中サンプリングに備えて、琵琶湖でトレーニングしました。2馬力ボートも使えそうです。2018年04月11日

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テニスをしました！2018年04月05日

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緒方先生が50歳の誕生日を迎えました。おめでとうございます。2018年04月04日

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吉田亘騎（こうき）君（M1)と姜軍歡（ジャン・ジュンフワン、Jian Junhuan）君（研究生）が研究室のメンバーに加わりました。2018年04月01日

巨大ウイルス研究者のジャン＝ミシェル・クラヴリ教授が研究室を訪問して下さいました。2018年03月08日

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京都大学農学研究科の吉田天士グループと4年にわたり進めてきた研究の成果が ISME J (IF=9.664) に掲載されました。–> https://www.nature.com/articles/s41396-018-0052-x2018年02月05日

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バイオインフォマティクスセンター研究発表会が行われました。私たちの研究室からは遠藤先生、李君、金子君、西山君がそれぞれ自身の研究を発表しました。西山君がBest Presentation Awardを受賞しました。皆様お疲れ様でした。西山君、おめでとうございます！2018年01月23日

今日は、アミラさんとナディラさんのお別れパーティーがありました。短い時間でしたが、とても楽しい時間を共有してくれてありがとう！ロドリゴ君にとっては入れ替わりの歓迎会でした！2018年01月19日

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メキシコからの短期インターンシップ生が研究室に到着しました。ロドリゴさんです。2018年01月15日

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緒方先生が、サウジアラビアのキング・アブドゥッラー科学技術大学（KAUST）で開催された、Global Ocean Genomeワークショップに参加して、「Multi-omics approach to assess viral impact on marine plankton」と題して招待講演を行いました。2017年10月30日

博士課程1年の西山さんが第一著者で、近畿大学医学部の永井先生、櫻井先生のグループと進めてきた、腸内細菌叢へリパクレオンが及ぼす影響に関する研究がBBRC (Biochemical and Biophysical Research Communications)にアクセプトされました。おめでとうございます！この研究では、慢性膵炎などの患者の消化機能を助けるためのリパクレオンという消化剤が、消化促進機能だけでなく、腸内細菌フローラを健康な方向に変化させる機能も持っている可能性をマウスで示しました。（論文へのリンク：https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2017.10.130）2017年10月25日

バイオインフォマティクスセンター合同ピクニックへ行ってきました。井手町のみどり農園にて、BBQとみかん狩りを楽しみました。2017年10月20日

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今日は、マレーシアからの短期留学生2名が研究室に到着しました。ナディラさんと、アミラさんです。2017年09月04日

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環境微生物系学会合同大会２０１７（東北大学、仙台）にて、黒西愛さん、李岩沢君、吉川元貴くんがそれぞれ研究発表をしました。黒西さん（ウイルス自動分類の研究）、李君（メガウイルスの多様性研究）はポスター発表、吉川君（巨大ウイルスのゲノム解析）は口頭発表でした。緒方先生もシンポジウム（ 「環境ウイルスたちの多様な存在様態－かつてないウイルス研究がここに集う」）でプレナリー講演を行いました。お疲れ様でした！2017年08月31日

博士課程の吉川元貴さんが第２著者（Equal contributions）で卒業生の三原智子さんが共著で、広島大学の名誉教授 山田 隆 博士 との共同研究論文が Frontiers in Microbiology (IF=4.16) に受理されました。著者とタイトルは以下です。 おめでとうございます！ — “Replications of two closely related groups of jumbo phages show different level of dependence on host-encoded RNA polymerase”, by Takeru Matsui, Genki Yoshikawa, Tomoko Mihara, Orawan Chatchawankanphanich, Takeru Kawasaki, Miyako Nakano, Makoto Fujie, Hiroyuki Ogata, Takashi Yamada.2017年05月19日

高知大学長崎グループ、京大吉田グループ、京大緒方グループで研究会議を行いました。懇親会でも楽しく親睦を深めました。2017年05月12日

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遠藤寿先生が化学生命科学研究領域の助教に着任されました。ご専門は海洋プランクトン生態学です。2017年05月01日

緒方先生が国立台湾海洋大学で行われたTara Coral Conferenceで”Biodiversity of marine plankton revealed by Tara Oceans’ eco-systems approach”と題して講演を行いました。2017年04月25日

清水祐吾さん、西村陽介さんのダブル公聴会がありました。二人とも素晴らしい学位発表でした！2017年04月07日

研究室に新メンバー（修士１回生）として、金子博人君、加藤恭崇君が加わりました。とても元気な二人に研究室もさらに活気づくのでは、期待してます！2017年04月03日

西村陽介君が筆頭著者の論文”ViPTree: the viral proteomic tree server / Nishimura Y., Yoshida T., Kuronishi M., Uehara H., Ogata H., Goto S.”がBioinformaticsにアクセプトされました。おめでとうございます！2017年03月16日

清水祐吾君が筆頭著者の論文”Discriminating the reaction types of plant type III polyketide synthases / Shimizu Y., Ogata H., Goto S.”がBioinformaticsにアクセプトされました。おめでとうございます！2017年02月17日

西山くんが「リパクレオン投与による腸内フローラ変動に関する大規模配列解析」と題して修論論文発表を行いました。お疲れ様です。2017年02月15日

西村陽介君が第一著者の力作 “Environmental viral genomes shed new light on virus-host interactions in the ocean” が mSphere に受理されました！万歳！学位取得まであと一歩ですね！頑張って下さい！2017年02月02日

五斗先生が国立情報システム研究機構／DBCLSに栄転されました。五斗先生、２３年間にわたる化研でのご活躍ありがとうございます。今後も、化学生命科学の仲間にご指導ご鞭撻をいただけますよう、よろしくお願いいたします。DBCLSでのご活躍を期待しています！2017年02月01日

吉川くんが修論発表を行いました。お疲れ様です。2017年01月31日

Ｍ２の吉川元貴くんが修論「カンキツかいよう病菌に感染する大型ファージXacN1のゲノム解析」を提出しました。修論発表会は１月３０日です。2017年01月20日

ワッティーさん、シャヒラさんと皆で写真！来週水曜日にマレーシアに帰国されます。2017年01月20日

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マレーシアからの短期留学生ワッティーさんとシャヒラさんがもうすぐ帰国します。今日は黄檗のカレー屋パナスで送別会が開かれ楽しい時間を過ごしました。2017年01月18日

化学生命科学研究室の先輩、守屋勇樹さんの学位公聴会が行われました。学位のタイトルは「ゲノムからのパスウェイ推定の為のバイオインフォマティクス研究」です。2017年01月17日

緒方先生が武村先生（東京理科大）の研究室を訪問。アメーバウイルスの培養と、今後の研究課題について話し合いました。2017年01月14日

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バイオインフォマティクスセンター合同ピクニック＆BBQ大会。お絵描き伝言ゲームなどをしたりして、みんな楽しい時間を過ごしました。2016年11月17日

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清水祐吾君が筆頭著者の論文”Type III Polyketide Synthases: Functional Classification and Phylogenomics / Shimizu Y., Ogata H., Goto S.”がChemBioChemにアクセプトされました。おめでとうございます！2016年10月26日

緒方先生がフィリピンで開催されたBiodiversity & Chemical Biology of Marine and Terrestrial Life in the Philippine Regionで”Tara Oceans Expedition and Giant Viruses in Marine Ecosystems”と題して基調招待講演を行いました。2016年10月17日

吉沢さんが第五回生命医薬情報学連合大会 (東京、日本)の二日目で”実はタンパク質は測定していない　～ プロテオミクスと質量分析法 ～”と題して招待講演を行いました。2016年09月30日

西山君と吉川君が第5回生命医薬情報学連合大会 （東京、日本）の一日目でそれぞれ”Investigation of Mouse Gut Microbiota Affected by Elental and Lipacreon”と”A preliminary characterization of the genome of XacN1, a giant phage infecting the citrus canker agent Xanthomonas citri”と題してポスター発表を行いました。2016年09月29日

五斗先生が第3回オープンサイエンスデータ推進ワークショップ （京都、日本）で”KEGG　データベースの現状”と題して招待講演を行いました。2016年09月27日

吉沢さんがAOHUPO (Asia Oceania HUPO) Annual Congress (Sun Moon Lanke, Taiwan(ROC))で”jPOST for Asia and Oceania: Re-analysis Protocol”と題してポスター発表を行いました。2016年09月23日

吉沢さんがHUPO (Human Proteome Organization) Annual World Congress (Taipei, Taiwan(ROC))で”jPOST: Re-analysis Protocol”と題してポスター発表を行いました。2016年09月19日

マレーシア工科大学の2名の4年生 (Tuan Watieさん, Nurshahiraさん) がインターンとして研究室に加わりました。2016年1月20日まで滞在し、共同研究します。2016年09月05日

三原さんが筆頭著者で、山田隆先生（広島大学）との共同研究、青枯病病原菌に感染するファージに関するの下記論文が Virology Reportに掲載されました。新規ファージRP15はtRNA遺伝子を17個コードしており、詳細な系統解析からT4関連ファージに属する新しいグループのファージであることが明らかになりました。2016年07月29日

農学研究科の吉田先生、西村陽介氏、緒方先生が第８回 Aquatic Virus Workshop（英国、プリマス）で講演しました。世界の一流の研究者達に囲まれ、京大における最新のウイルス研究を提示してきました。とはいっても、英国ならではのエールは飲みすぎたようで少し疲れ気味で帰国されました。2016年07月13日

高見英人博士（JAMSTEC）らとの共同研究、メタゲノム・ゲノムの機能解析システム MAPLE の論文が DNA Res. (IF=5.267) に掲載されました。2016年07月03日

研究室で鉄板焼きパーティをしました。皆さん楽しんだようで、翌日の研究室は空っぽでした。写真は研究室伝統の広島風お好み焼き。今年は広島出身の４回生がいるのでより一層おいしくできました。2016年06月23日

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ブラン＝マチュー先生らの論文”DNA repair genes in the Megavirales pangenome”が掲載されました。2016年04月04日

山田隆先生（広島大学）との共同研究、青枯病病原菌に感染するジャンボファージに関するの下記論文が Virology (IF=3.321) に受理されました。2016年04月01日

当該ファージががphiKZ関連ファージに分類されることを明らかにし、同時に、これまでに多数確認されているジャンボファージが多系統からなることを証明しました。 Bhunchotha, Blanc-Mathieu, Mihara, Nishimura, Askora, Phironrit, Leksomboon, Chatchawankanphanich, Kawasaki, N...

隈部君、三原さん、西村君、湯川さんの送別会がイタリア料理クアトロアミーチで行われました。2016年03月29日

研究室を旅立つ４人の皆様、これまで大変お世話になりました。今後のご健康、ご発展、ご活躍をお祈り申し上げます。 ...

当研究室（化学生命科学研究領域）がAAAS発行の「サイエンス誌に載った日本人研究者（2016年号、36ページ）」の中で紹介されました。2016年03月25日

李岩沢さんが中国から来日しました。李さんは研究生として研究室に配属されます！2016年03月23日

ブラン＝マチュー先生と緒方先生の”DNA repair genes in the Megavirales pangenome”と題する論文が Current Opinion in Microbiology (IF=5.900) に受理されました。おめでとうございます！2016年03月22日

緒方先生が日本海洋学会春季大会で「海洋ウイルス環境ゲノムから見る多様性・相互作用・分布」と題して招待講演を行いました。2016年03月17日

下記の論文が掲載されました[Open Access]。2016年03月01日

三原知子さん（博士課程）らのVirus-Host DBに関する論文が Viruses (IF=3.353) に受理されました。おめでとうございます！Mihara T., Nishimura Y., Shimizu Y., Nishiyama H., Yoshikawa G., Uehara H., Hingamp P., Goto S, Ogata H. “Linking virus genomes with host taxonomy.”2016年02月25日

タラ海洋探査コンソーシアムからの研究成果が Nature （２月１０日号）に掲載されました。海洋表層から深層への炭素輸送（バイオロジカル・カーボン・ポンプ）に放散虫のコロダリアや藍藻に感染するウイルスなど、これまで着目されていなかった生物種が関与していることが判明しました。2016年02月10日

恒例のBICセミナーがありました。当研究室からは、ファーミ君、隈部君、西山君、吉川君、西村君、清水君、吉沢さんが研究発表を行いました。2016年01月21日

センターのメンバーでみどり農園にてBBQをしました。シイタケ狩りも楽しかったです。2015年11月18日

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順天堂大学の茂櫛薫先生にRの講習をしていただきました。2015年11月17日

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博士課程の三原知子さん、西村陽介さん、研究員の清水祐吾さんが生命医薬情報連合大会2015（宇治）で口頭発表・ポスター発表を行いました。西村さんと清水さんの口頭発表が研究奨励賞を受賞しました。おめでとうございます！2015年10月31日

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三原知子さん、西村陽介さんが微生物生態学会年会（土浦）でウイルス—宿主のデータベースと、ウイルスゲノム解析ツールに関するポスター発表を行いました。同時に、共同研究者の綿井さん（農学研究科）のポスター発表がポスター賞を受賞しました。乾杯！2015年10月21日

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マレーシア工科大学の4名の4年生 (Nadzirahさん, Rafidahさん, Fahmi君, Arhaime君) がインターンとして研究室に加わりました。2016年1月末まで滞在し、共同研究します。2015年09月01日

武村政春先生、横堀伸一先生、緒方博之先生の共著論文 Evolution of eukaryotic DNA polymerases via interaction between cells and large DNA viruses の図が掲載誌 Journal of Molecular Evolution の表紙を飾りました。（Cover）。2015年08月22日

緒方博之先生、武村政春先生共著の巨大ウイルスに関する総説 “A decade of giant virus genomics: surprising discoveries opening new questions” を掲載する書籍が出版されました。（Springer）。2015年08月21日

ロマン・ブラン＝マチュー先生が８月１日より化学生命科学研究領域の助教に着任しました。2015年08月03日

パスカルさんの最終日です。パスカルさんが用意した南仏スタイルのアペリティフで楽しい一時を過ごさせていただきました。2015年07月31日

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農学部の吉田先生、綿井君、大前君らのグループと、任期終了まじかのパスカルさんと、たこ焼きパーティーをしました。2015年07月28日

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ボストン開催のIBSBに、五斗先生と三原知子さんが参加し、三原さんがDiversity of marine giant DNA virusesと題して口頭発表をしました。2015年07月21日

三原知子さん（大学院生）、五斗進先生、緒方博之先生の和文総説『海洋巨大ウイルス—ゲノムから見えたきた多様性と生態』が生物の科学 遺伝７月号に掲載されました。（PDF）。2015年06月19日

緒方先生、五斗先生、アンガン先生が東北区水産研究所を訪問。桑田晃先生、中村洋路先生とパルマ藻のゲノム研究に関する意見交換を行いました。今後の研究の発展が楽しみです。2015年06月11日

当研究室が参加するタラ海洋探査国際・学際コンソーシアムによる研究結果が、米国科学誌Scienceに５報の論文として掲載されました。５月２２日（金）の朝日新聞、産経新聞、ＮＨＫニュース等で報道されました。2015年05月22日

キュリー研究所からDr. Inna KupersteinさんとDr. Emmanuel Barillotsさん研究室を訪問しました。2015年05月07日

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パスカル・アンガン先生が客員准教授として着任しました。３か月の研究室滞在です。2015年05月01日

今日はとても良い天気でしたので、満開の桜の下で昼食をとりました。2015年04月02日

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水谷紗弥佳さんが学位論文「医薬品ー標的タンパク質ー副作用の関連解析による副作用の発現機序推定」により京都大学博士（理学）の学位を授与されました。おめでとうございます。今後のご発展を研究室一同お祈りします。2015年03月23日

緒方先生が、生命誌研究館で「海洋巨大ウイルスの多様性と進化」と題して講演をしました。2015年03月18日

緒方先生のインタビューが東工大情報生命博士教育院のページに掲載されました。2015年03月17日

緒方先生の記事「巨大ウイルスから見える新たな生物界の姿」が生命誌ジャーナルに掲載されました。2015年03月16日

水谷さんが化学研究所大学院生研究発表会でオーラル発表第２位を受賞しました。おめでとうございます！2015年02月27日

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緒方先生が、生態研で「海洋巨大ウイルスの進化と生態」と題して講演をしました。2015年02月20日

水谷紗弥佳さん（理学研究科博士課程）の学位論文「医薬品ー標的タンパク質ー副作用の関連解析による副作用の発現機序推定」の公聴会が行われました。2015年01月14日

五斗先生は主査として、バイオ情報学研究会の発展のために長年ご尽力されてきました。この度、そのご功績を称えて「バイオ情報学研究会　功労賞」を同研究会より授与されました。五斗先生、研究室一同、心よりお慶び申し上げます。2014年12月18日

西村さんが生命情報科学若手の会 第6会研究会に参加して、「次世代配列解析による海洋ウイルスと宿主の相互作用の解析」と題してポスター発表を行いました。2014年10月29日

五斗先生が、ヤクルト中央研究所で「KEGGデータベースとヒト健康情報」と題して講演をしました。2014年10月23日

水谷さん、西村さん、三原さん（院生）が JSBi 年会でポスター発表を行いました。三原さんのポスターがデザイン賞を受賞しました！2014年10月02日

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仏 Institut Sophia Agrobiotech の Romain Blanc-Mathieu 博士が訪問され、Population Genomics of Ostreococcus tauri: Diversity and Evolution of the Smallest Photosynthetic Eukaryote と題してセミナーをして下さいました。博士は 26 日まで滞在され、研究室のメンバーと活発な議論ができました。2014年09月24日

守屋さんと時松さんの送別会が金久先生・KEGGグループとの合同で行われました。長い間、研究室とGenomeNet開発で活躍して下さりありがとうございました。2014年09月18日

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緒方先生がストックホルムで開催されたスウェーデン−京都シンポジウム（Sept 11-12）に参加し、“Marine viral genomics: from genetic diversity to ecological implications”と題して講演しました。2014年09月12日

バイオインフォマティクスセンターの秋の遠足＆バーベキューが城陽市総合運動公園で開催されました。流しそうめんも企画され、参加者（27名）が楽しい一日を過ごしました。当研究室の西村さん（院生）が企画実行委員長を務めました。2014年09月09日

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桑田晃先生（独立行政法人 水産総合研究センター 東北区水産研究所 資源海洋部 生態系動態グループ）が研究室を訪問して下さり、演題「珪藻とパルマ藻の進化・生態・生活史」にてセミナーをしていただきました。2014年08月22日

五斗先生、清水祐吾さん（研究員）がベルリンで開催された International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB, July 20-25) に参加しました。清水さんは“Exploring Polyketide Synthases from Huge Metagenomic Samples”と題して口頭での研究発表を行いました。2014年07月28日

化学研究所主催「第17回高校生のための化学〜先端高度研究の一端を学ぶ〜」が開催されました。８４名の化学（科学）好きの高校生参加者が集まり、スパコン等最先端機器を見学しました。緒方先生も企画委員として活躍されました。2014年07月26日

キャノン財団理想の追求「ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か？」のキックオフミーティングがバイオインフォマティクスセンターで行われました。農学研究科 海洋分子微生物学研究室のスタッフ（左子芳彦教授、吉田天士准教授）と大学院生、当研究室のスタッフ・大学院生が多数参加しました。自己紹介、プロジェクトの説明、４月の予備調査のサンプルから得られたヴィローム（ウイルスメタゲノム配列）データの検討などが行われました。2014年06月27日

武村政春先生（東京理科大学）が研究室を訪問して、「巨大ウイルスと真核生物の起源」に関してセミナーをしていただきました。2014年06月24日

夏至の日、国際的なサンプリングイヴェントであるオーシャン・サンプリング・デイ(http://www.microb3.eu/osd)に、農学研究科吉田先生のグループ、大阪府立環境農林水産総合研究所水産技術センターの山本圭吾先生との共同で参加しました。2014年06月21日

夏至の日、国際的なサンプリングイヴェントであるオーシャン・サンプリング・デイ(http://www.microb3.eu/osd)に、農学研究科吉田先生のグループ、大阪府立環境農林水産総合研究所水産技術センターの山本圭吾先生との共同で参加しました。当研究室からは、緒方先生、五斗先生、西村さん（博士課程）が参加しました。 ...

緒方先生が京都教育文化センターで開催された International Seminar on Biodiversity and Evolution にて Recent bioinformatics development in quantitative metagenomics と題して講演を行いました。2014年06月06日

緒方博之、武村政春らの「巨大ウイルスがもたらしたパンドラの箱−ウイルス研究はパラダイムシフトを引き起こすか？」が「生物と科学 遺伝 ５月号」に掲載されました。2014年05月01日

緒方先生、水谷さん（博士課程）、清水さん（研究員）が「ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か？（キヤノン財団）」プロジェクトの予備調査に参加しました。2014年04月16日

緒方博之先生が化学生命科学領域の教授に着任しました。2014年04月01日