エストニアのタルトゥで行われたSymposium on Aquatic Microbial Ecology (SAME17)にて、岡嵜先生が琵琶湖の細菌のシングルセルゲノム解析の研究成果をSingle cell genomics uncovered uncultured virus-host links in a deep freshwater lakeという演題で発表しました。
A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses using MinION sequencing.
Hiroyuki Hikida, Yusuke Okazaki, Ruixuan Zhang, Thi Tuyen Nguyen, Hiroyuki Ogata
Venue: Bioinformatics Center, Institute of Chemical Research, Kyoto University
July 25th (Tuesday)
14:00-15:00 Seminar by Prof. Shinichi Sunagawa; The ocean microbiome as a treasure trove for novel taxa, enzymes and bioactive compounds
15:30-15:40 Opening talk by Prof. Takeyama
15:40-17:20 Session 1, Chair: Ryota Wagatsuma & Yuto Hiraki Ruixuan Zhang; Translation landscape of a giant virus Jingjie Chen; Transcriptome of virophage reflects its infection to APMV Hongda Zhao; Endogenous giant virus in eukaryotic genomes Naoya Iwai; Target enrichment of uncultured human oral bacteria with phage-derived molecules found by single-cell genomics Mika Nishimura; Development of highly sensitive bacterial scRNA-seq technology Kana Jitsuno; Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere
18:00 Party, Kihada
July 26th (Wednesday)
10:30-11:40 Session 2, Chair: Ruixuan Zhang & Jingjie Chen Yuto Hiraki; Development for monitoring marine bioresources by combining environmental DNA method and passive acoustic technique Ryota Wagatsuma; Droplet-based single-virus-genomics to analyze environmental viruses Junyi Wu; Re-evaluating evolution in Nucleocytoviricota: the hidden impact of Virus-to-Virus gene transfer Hiroki Ban; Global distribution of Parmales, the tiny sister to diatom, from pole to pole
13:00-14:00; Visit for supercomputer & wet lab
14:00-15:30
Session 3, Chair: Ruixuan Zhang & Ryota Wagatsuma Qingwei Yang; Characterization of sinking and suspended micro-eukaryotic communities in spring Oyashio waters Wenwen Liu; Towards an understanding of the ecology and evolution of giant viruses in mesopelagic layer Komei Nagasaka; Identification of deep-sea adaptation genes in giant viruses Yuki Ohnishi; Genome analysis of root endophytic bacteria in soybean to elucidate the function of rare actinomycetes Chika So; Rhizobial infection-specific transcriptome analysis in soybeans root hairs Masako Kifushi; Genome-based functional analysis of root-associated microbial consortia for soybean growth promotion
15:30-16:00; Free discussion
16:00 Ending talk by Prof. Ogata
講演タイトルは「The ocean microbiome as a treasure trove for novel taxa, enzymes and bioactive compounds」でした。
A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses only using MinION sequencing
Hiroyuki Hikida*, Yusuke Okazaki, Ruixuan Zhang, Thi Tuyen Nguyen, Hiroyuki Ogata
Ban H., Sato S., Yoshikawa S., Yamada K., Nakamura Y., Ichinomiya M., Sato N., Blanc-Mathieu R., Endo H., Kuwata A., Ogata H. Genome analysis of Parmales, a sister group of diatoms, reveals the evolutionary specialization of diatoms from phago-mixotrophs to photoautotrophs. Commun. Biol., https://rdcu.be/dgidA (2023).
岡嵜先生がエストニアで行われたSymposium on Aquatic Microbial Ecologyで研究成果を発表しました。
エストニアのタルトゥで行われたSymposium on Aquatic Microbial Ecology (SAME17)にて、岡嵜先生が琵琶湖の細菌のシングルセルゲノム解析の研究成果をSingle cell genomics uncovered uncultured virus-host links in a deep freshwater lakeという演題で発表しました...
Takeyama Lab & Ogata Lab Workshop
Venue: Bioinformatics Center, Institute of Chemical Research, Kyoto University
July 25th (Tuesday)
14:00-15:00 Seminar by Prof. Shinichi Sunagawa...
岡嵜先生が メタゲノミクスフォーラム で「Long- and short-read-resolved microdiversity of lake bacterioplankton genomes」について講演を行いました。
METAGENOMICS FORUMはスペイン、ミゲル・エルナンデス・デ・エルチェ大学のFrancisco Rodriguez-Valeraさんがオーガナイズしているセミナーシリーズで、W. Ford Doolittle、Edward F. DeLong、David Moreira、Eduardo Rocha、Frank O. Aylwardなど著名な研究者がこれまでに講演して...
夏駿さんの論文「Tight association between microbial eukaryote and Imitervirales communities in the Pacific Arctic Ocean」がLimnology and Oceanographyに受理されました。おめでとうございます。
Tight association between microbial eukaryote and Imitervirales communities in the Pacific Arctic Ocean.
Jun Xia, Sohiko Kameyama, Florian Prodinger, Takashi Yoshida, Kyoung-Ho Cho, Jinyo...
講演では、自分の位置を業界におけるカテゴリー分類の中で位置づけて理解することの重要性、稟議書を書いて多くの上司に判子をもらわなくてはいけない面倒、組織図を理解することの重要性、新規上場（IPO: Initial Public Offering）アドバイザーとしての仕事、上司との上手な付き合い方（公私を混ぜない）、就活の心得について熱いメッセージをいただきました。学生もとより教員...
木島 壮一朗さん（修士課程）が筆頭著者の論文「Discovery of Viral Myosin Genes With Complex Evolutionary History Within Plankton」がFrontiers in Microbiologyに掲載されました。おめでとうございます。
孟令傑さん（博士課程）が筆頭著者の論文「Quantitative Assessment of Nucleocytoplasmic Large DNA Virus and Host Interactions Predicted by Co-occurrence Analyses」がmSphereに掲載されました。おめでとうございます。
この論文では、ウイルス配列と真核生物配列の共起性に基づくウイルスの宿主予測法が、巨大ウイルスNCLDVに有効に機能することを世界で初めて、定量的に証明しました。また、系統関係の情報を利用した手法であるTaxon Interaction Mapper (TIM)が、さらに宿主の予測精度向上に貢献することを証明しました。
Quantitative Assessment of ...
Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean.
Hiroto Kaneko, Romain Blanc-Mathieu, Hisashi Endo, Samuel Chaffron, Tom O. Delmont, Morgan Gaia...
遠藤先生が筆頭著者の論文「Biogeography of marine giant viruses reveals their interplay with eukaryotes and ecological functions」がNature Ecology & Evolutionに掲載されました。おめでとうございます！
下記の論文です。
In silico prediction of virus-host interactions for marine Bacteroidetes with the use of metagenome-assembled genomes. Kento Tominaga, Daichi Morimoto, Yosuke Nishimura, Hiroyuki...
"Tara Oceans: towards global ocean eco-systems biology"
Shinichi Sunagawa, Silvia Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Damien Eveillard, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Daniele Iudicone, Eric K...
Toshiharu Sakurai1*, Hiroki Nishiyama2*, Tomoyuki Nagai, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Masatoshi Kudo. Deficiency of Gankyrin in the small intestine is associated with augmented colitis accom...
発表の著者とタイトルは以下です。
Prodinger F., Endo H., Li Y., Tominaga K., Isozaki T., Gotoh Y., Yoshida T., Ogata H. Linking seasonal dynamics of Megaviridae and bloom forming eukaryotic phytoplankton ...
The Earth Is Small for “Leviathans”ー巨大ウイルスに地球はかくも小さきかな！
卒業生の李君が筆頭著者の論文がMicrobes and Environmentsに掲載されました。PCR法（メガプライマー法という新規手法）により日本各地で検出されたメガウイルス科の巨大ウイルスが、世界の様々な地域（なんと南大西洋）でも検出されることを発見しました。この発見は、巨大ウイルスが地球上を循環・拡散していることを示唆します。しかし、その移動メカニズムについてはさらなる...
サミュエル・シャフロンさん、フランスから来日。緒方研に３週間滞在予定。早くもシャフロン賞の創設を発表し、本日行われた研究発表会で、２つの賞を授与した。M2の加藤君がChaffron Best Presentation Award、D2の吉川君がChaffron Best Research Awardを授与されたのです。おめでとうございます！
...
フランスのパスカルさん、吉田グループ、緒方グループが2015年から開始したプロジェクトです。大阪湾で採取したたった１Lの海水サンプルに5000種以上のメガウイルスの仲間がいることが分かりました。修士の李君が最終的に論文に仕上げてくれました。→ Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in C...
遠藤先生の論文、「Contrasting biogeography and diversity patterns between diatoms and haptophytes in the central Pacific Ocean」が Scientific Report に受理されました。この研究は北海道大学の鈴木光次先生との共同研究です。海洋で最も重要な植物性プランクトンである珪藻とハプト藻の分布を太平洋で調査し、これらの藻類の分布と多様性がそれぞれの藻類グループ固有の生存戦略を反映していることを解明しました。果てしなく広い海洋における微生物の分布を理論で説明できるなんて、凄いです！遠藤先生、おめでとうございます！
研究室の卒業生の三原さんが第一著者の論文がMicrobes and Environmentsに掲載されました。おめでとうございます！巨大ウイルスの一系統（メガウイルス科）の多様性が１つの超生物界（ドメイン）の多様性を上回る可能性を示唆したバイオインフォマティクス解析です。
"Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean.", Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
https://w...
緒方先生が、サウジアラビアのキング・アブドゥッラー科学技術大学（KAUST）で開催された、Global Ocean Genomeワークショップに参加して、「Multi-omics approach to assess viral impact on marine plankton」と題して招待講演を行いました。
博士課程1年の西山さんが第一著者で、近畿大学医学部の永井先生、櫻井先生のグループと進めてきた、腸内細菌叢へリパクレオンが及ぼす影響に関する研究がBBRC (Biochemical and Biophysical Research Communications)にアクセプトされました。おめでとうございます！この研究では、慢性膵炎などの患者の消化機能を助けるためのリパクレオンという消化剤が、消化促進機能だけでなく、腸内細菌フローラを健康な方向に変化させる機能も持っている可能性をマウスで示しました。（論文へのリンク：https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2017.10.130）
博士課程の吉川元貴さんが第２著者（Equal contributions）で卒業生の三原智子さんが共著で、広島大学の名誉教授 山田 隆 博士 との共同研究論文が Frontiers in Microbiology (IF=4.16) に受理されました。著者とタイトルは以下です。 おめでとうございます！ — “Replications of two closely related groups of jumbo phages show different level of dependence on host-encoded RNA polymerase”, by Takeru Matsui, Genki Yoshikawa, Tomoko Mihara, Orawan Chatchawankanphanich, Takeru Kawasaki, Miyako Nakano, Makoto Fujie, Hiroyuki Ogata, Takashi Yamada.
西村陽介君が筆頭著者の論文”ViPTree: the viral proteomic tree server / Nishimura Y., Yoshida T., Kuronishi M., Uehara H., Ogata H., Goto S.”がBioinformaticsにアクセプトされました。おめでとうございます！
清水祐吾君が筆頭著者の論文”Discriminating the reaction types of plant type III polyketide synthases / Shimizu Y., Ogata H., Goto S.”がBioinformaticsにアクセプトされました。おめでとうございます！
清水祐吾君が筆頭著者の論文”Type III Polyketide Synthases: Functional Classification and Phylogenomics / Shimizu Y., Ogata H., Goto S.”がChemBioChemにアクセプトされました。おめでとうございます！
緒方先生がフィリピンで開催されたBiodiversity & Chemical Biology of Marine and Terrestrial Life in the Philippine Regionで”Tara Oceans Expedition and Giant Viruses in Marine Ecosystems”と題して基調招待講演を行いました。
西山君と吉川君が第5回生命医薬情報学連合大会 （東京、日本）の一日目でそれぞれ”Investigation of Mouse Gut Microbiota Affected by Elental and Lipacreon”と”A preliminary characterization of the genome of XacN1, a giant phage infecting the citrus canker agent Xanthomonas citri”と題してポスター発表を行いました。
武村政春先生、横堀伸一先生、緒方博之先生の共著論文 Evolution of eukaryotic DNA polymerases via interaction between cells and large DNA viruses の図が掲載誌 Journal of Molecular Evolution の表紙を飾りました。（Cover）。
五斗先生、清水祐吾さん（研究員）がベルリンで開催された International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB, July 20-25) に参加しました。清水さんは“Exploring Polyketide Synthases from Huge Metagenomic Samples”と題して口頭での研究発表を行いました。
緒方先生が京都教育文化センターで開催された International Seminar on Biodiversity and Evolution にて Recent bioinformatics development in quantitative metagenomics と題して講演を行いました。
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